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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003143

染色体: Chr07 坐标: 33323194-33324096 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003143
名称SmilChr07G003143
描述defensin J1-2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33323194 - 33324096 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996100
GeneID130996100
locus_tag-
NCBI NameLOC130996100
原始查询SmilChr07G003143

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述defensin J1-2-like
产物defensin J1-2-like
ArabidopsisAT2G02130 (LCR68)
low-molecular-weight cysteine-rich 68 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814744]
identity=59.7; qcov=1.04; evalue=2.85e-26; confidence=medium
RiceOs03g0130300 (DEFL8)
-
identity=75; qcov=0.703; evalue=1.31e-23; confidence=medium
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00304 (Gamma-thionin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996100

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057777611.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777611.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777611.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777611.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777611.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777611.1
74 aa
N
1
37
74
Gamma-thionin
C
PF00304 Gamma-thionin 28-74 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777611.1 Pfam PF00304 Gamma-thionin Domain 28 74 1.7e-18 67.3 Gamma-thionin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921628.1
ACAAGCAAGTTTAAATTTAGCAAGTATTGGGCTATATATAGGCCTCACTACCAAGTCTTTCTTACACATCACATACACACATATCGCTGAGAGAAAATGAGCAGCTTTTTGAGGTTGTTTGCTACTGCTTTCCTTGTGATGATGCTTCTCTTCTCCTCTGGAATGGTGGCGGAGGCGAGGACGTGCGAGTCGAAGAGCCACCGGTTCAAGGGAATTTGTGTGAGAAAAGCCAATTGCGCGGCGGTGTGCCAGACTGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996100
ATGAGCAGCTTTTTGAGGTTGTTTGCTACTGCTTTCCTTGTGATGATGCTTCTCTTCTCCTCTGGAATGGTGGCGGAGGCGAGGACGTGCGAGTCGAAGAGCCACCGGTTCAAGGGAATTTGTGTGAGAAAAGCCAATTGCGCGGCGGTGTGCCAGACTGAGGGTTTCCACAGCGGCCACTGTCGGGGCTTCCGCCGCCGGTGCTACTGCACCAGACACTGTTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777611.1
MSSFLRLFATAFLVMMLLFSSGMVAEARTCESKSHRFKGICVRKANCAAVCQTEGFHSGHCRGFRRRCYCTRHC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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