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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003156

染色体: Chr07 坐标: 33485987-33486728 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003156
名称SmilChr07G003156
描述uncharacterized SmilChr07G003156
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33485987 - 33486728 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994119
GeneID130994119
locus_tag-
NCBI NameLOC130994119
原始查询SmilChr07G003156

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843709]; symbol=AT1G73740; hit=AT1G73740; species=arabidopsis; confidence=medium
产物UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843709]; symbol=AT1G73740; hit=AT1G73740; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G73740 (AT1G73740)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843709]
identity=46.8; qcov=1.02; evalue=1.02e-41; confidence=medium
RiceOs01g0516700
-
identity=37.6; qcov=0.976; evalue=1.33e-29; confidence=medium
GOGO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994119

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775138.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775138.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057775138.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057775138.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775138.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33486008 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A19,A20,B104,B121,B125,B126,B131,B132,B21,B25,B51,B53,B71,B75,B76,B89,B90,C1,C11,C2,C21,C27,C3,C51,C54,C65,C69,C70,C86,C87
Chr7:33486028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,D7
Chr7:33486037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B53
Chr7:33486054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B69,B72,C1
Chr7:33486081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C53
Chr7:33486125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C68,C70,D3
Chr7:33486140 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:33486146 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 7 B13,B66,C3,C32,C42,C53,C77
Chr7:33486187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B25,B29,C60
Chr7:33486200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr7:33486286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B126,C39,C43,C71
Chr7:33486340 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919155.1
ATGAAGCTGATTATACAAGAGCAGAACTCCGTGCCCGGGATCGCAAATTTGGTTCTTTCCTTATTCGCTGACAAAATCTGTGTGGCCTTCGATTCGAGCGTGGAATGTTTCTGGGCCTGGCAGAGGGATAAGTGCGTTGTCTGTGGGAATCCGGTGAGGCTGTCATTGGTGAATGGAACCTCCAAGGCGGCGGCTAGGCGGCATTTCTTTCCTGCCGTGGAGGTGGAGAAGGTGGTGGTGATTCTTGGAGGGTCCCTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994119
ATGAAGCTGATTATACAAGAGCAGAACTCCGTGCCCGGGATCGCAAATTTGGTTCTTTCCTTATTCGCTGACAAAATCTGTGTGGCCTTCGATTCGAGCGTGGAATGTTTCTGGGCCTGGCAGAGGGATAAGTGCGTTGTCTGTGGGAATCCGGTGAGGCTGTCATTGGTGAATGGAACCTCCAAGGCGGCGGCTAGGCGGCATTTCTTTCCTGCCGTGGAGGTGGAGAAGGTGGTGGTGATTCTTGGAGGGTCCCTAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775138.1
MKLIIQEQNSVPGIANLVLSLFADKICVAFDSSVECFWAWQRDKCVVCGNPVRLSLVNGTSKAAARRHFFPAVEVEKVVVILGGSLGANAINIALFNVYLQMLSENDGLSIIWQTGTDAFPEMESLVTTYPSLLLSPSVWKVNDVVAACEIVNCSGVEVQCQVKALTFP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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