Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003158`

染色体: Chr07 坐标: 33507971-33508462 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003158`
名称	SmilChr07G003158
描述	uncharacterized SmilChr07G003158
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	33507971 - 33508462 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994120`
GeneID	`130994120`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994120`
原始查询	`SmilChr07G003158`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF08284 (RVP_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775139.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057775139.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057775139.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057775139.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775139.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:33507978`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B105,B111,D10
`Chr7:33507978`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B105,B111,D10
`Chr7:33507994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B70,C45,C77
`Chr7:33508000`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr7:33508002`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B72,C13,C34,C55,C60
`Chr7:33508009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B111,D10
`Chr7:33508049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	56	A1,A13,A15,A16,A5,B10,B102,B107,B108,B109,B112,B117,B120,B128,B130,B132,B138,B17,B19,B29,B3,B30,B41,B58,B59,B61,B67,B68,B72,B74,B83,B89,B90,B92,B93,C12,C13,C15,C27,C28,C30,C34,C41,C44,C47,C5,C55,C6,C60,C68,C7,C8,C81,C86,C87,D9
`Chr7:33508064`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B22,B31,B43,D10
`Chr7:33508103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr7:33508106`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C13,C40,C55
`Chr7:33508111`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B43,B67
`Chr7:33508119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C46,D6,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775139.1

163 aa

163

RVP_2

PF08284 RVP_2 61-163 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775139.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	61	163	2.1e-13	51.0	Retroviral aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919156.1
ATGACAAGCTGTTATGAGTGTGGCGAGATCGGACACATCAAGAAATATTGTCCAAGGAACAACGGAGCTCCAATGGCCCAACCAAACCAAAGAGGTCCCCAACAGCCTAACCAGAACAAGGGAGGTCCACAACGGCCCAACCAAAACCCTAGAGGGAACCCAAGGGCACCGCAAGCACCAAGGACCTACGCTATGGACCAGCAAGAGGCAGCTGGAACCTATGGGAACCTAGCAGGTATGATCACCATAGCCGGAGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994120
ATGACAAGCTGTTATGAGTGTGGCGAGATCGGACACATCAAGAAATATTGTCCAAGGAACAACGGAGCTCCAATGGCCCAACCAAACCAAAGAGGTCCCCAACAGCCTAACCAGAACAAGGGAGGTCCACAACGGCCCAACCAAAACCCTAGAGGGAACCCAAGGGCACCGCAAGCACCAAGGACCTACGCTATGGACCAGCAAGAGGCAGCTGGAACCTATGGGAACCTAGCAGGTATGATCACCATAGCCGGAGAAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775139.1
MTSCYECGEIGHIKKYCPRNNGAPMAQPNQRGPQQPNQNKGGPQRPNQNPRGNPRAPQAPRTYAMDQQEAAGTYGNLAGMITIAGESILALFDTGASHSFISNVVCDALDIVPARADKELEVLATMRTREVCLNLELNLEGHNFLTSPRVLFVIDFDLILGMD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器