Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003167

染色体: Chr07 坐标: 33680717-33683546 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003167
名称SmilChr07G003167
描述uncharacterized SmilChr07G003167
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33680717 - 33683546 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994124
GeneID130994124
locus_tag-
NCBI NameLOC130994124
原始查询SmilChr07G003167

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994124

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057775143.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057775143.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057775143.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775143.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057775143.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33680779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C57
Chr7:33680829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:33680837 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr7:33680881 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A13,A14,A24,B103,B128,B138,B17,B42,B43,B46,B50,B81,B89,B97,C13,C16,C31,C49,C54,C55,C57,C73,D3
Chr7:33680890 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:33680902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,C27,C41,C61
Chr7:33680910 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,C27,C41,C61
Chr7:33681109 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 49 A10,A16,A2,A21,A24,A25,A8,B107,B114,B117,B119,B125,B13,B134,B138,B139,B14,B17,B25,B28,B32,B42,B43,B53,B58,B65,B71,B76,B90,B97,B98,C12,C13,C18,C23,C29,C38,C46,C52,C53,C57,C58,C6,C7,C76,C82,C87,D10,D4
Chr7:33681137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B34,C45,C71,C82
Chr7:33681150 GTC G 2bp_deletion frameshift_variant 49 A11,A19,A22,A23,A3,B103,B104,B108,B109,B127,B130,B132,B18,B2,B31,B32,B35,B36,B37,B40,B48,B5,B50,B54,B58,B59,B6,B66,B67,B82,B83,B84,B88,B9,B94,C16,C19,C20,C36,C49,C63,C64,C70,C85,C86,D11,D2,D3,D5
Chr7:33681169 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 7 A10,B106,B22,B5,B78,B79,C82
Chr7:33681337 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B104,B131,C1,C2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919160.1
TTCTTTTAAATGGATTTTCAAATGTTTTCAAATGGCTAAACCCACTGAGTATATTAGTACTCAGCCCTGCAATTGTTTTCAAAACCTTTTGCAGGTTGAGCGGCAGGTGGTGTTGTGCGAGGCTGAGGGAGGATGTTGCTGTAGTTCCATATAATAATTTCTGCTGCCATAATATTCACTTAGGTGGATATCTTTTGAGATTGACTCTTTAAATATTCTTAGCCTAATTATTATGAACCCTTTTGGCAATCGCATTCTAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994124
ATGGAAAAGGGTCTTTCTATCGGTAAACAACTGGAGAATTTGAGGTTGTTGATTCACAGTGCATCGGAGGTGGACAAGGAGACACAGTATTACCACGACTGTGTAGAGGCAGCATGCAAGATTACAGGTTTGATTGTTGATGTGAATGGTCCAAAGCCATGGCGTCGCCCTAGAGATATGCACCCGGAGGACGACCCTTTTTTTTACTTGGATGAAGTCCATAATTCAGTGGATGCAGCATGTGATAAAGTGCAGCAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775143.1
MEKGLSIGKQLENLRLLIHSASEVDKETQYYHDCVEAACKITGLIVDVNGPKPWRRPRDMHPEDDPFFYLDEVHNSVDAACDKVQQEKRKERVSTDDIPSFDLHGVDGVLTVNSEVNIGCGGEGSSMRNNNDFRKKANENVVNGMEFAEIGKGPDKETNEQTVHGVSADGTTKADDGAGVVANTSAQRIADPVVQQSDPQKEMVVEKNSGDAIDVGGAAKDGEEGIVAAAIRGEATKPVDKVLVRRSVRVRGGPMNTPTV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器