当前解析结果
SmilChr07G003171| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003171 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003171 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003171 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 33759870 - 33762067 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996097 |
|---|---|
| GeneID | 130996097 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996097 |
| 原始查询 | SmilChr07G003171 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818145]; symbol=AT2G35736; hit=AT2G35736; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818145]; symbol=AT2G35736; hit=AT2G35736; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G35736 (AT2G35736)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818145] identity=74.1; qcov=0.947; evalue=3.51e-26; confidence=medium |
| Rice | Os07g0239500 (P0523A04.109)- identity=64.8; qcov=0.947; evalue=4.85e-24; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF15054 (DUF4535) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996097 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777607.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057777608.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057777608.1 |
| 4 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057777607.1 |
| 5 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057777608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:33761063 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | B111,B121,B124,B126,B129,B25,B51,B76,B90,B92,C11,C21,C3,C46,C65,C69,C70,C87,D6,D9 |
Chr7:33761777 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 168 | A10,A13,A14,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A23,A25,A4,A5,A6,A8,B10,B100,B101,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B113,B118,B119,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B31,B32,B33,B34,B40,B46,B47,B50,B51,B53,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B70,B71,B72,B73,B75,B76,B77,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B89,B9,B90,B92,B93,B94,B96,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C19,C2,C21,C22,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C62,C63,C65,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C77,C78,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D6,D7,D8,D9 |
Chr7:33761791 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 13 | B121,B126,B25,B51,B76,B90,B92,C21,C3,C65,C69,C70,C87 |
Chr7:33761851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777608.1PF15054
DUF4535 7-50 aa
XP_057777609.1PF15054
DUF4535 7-50 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777608.1 |
Pfam | PF15054 |
DUF4535 | Family | 7 | 50 | 2e-26 | 92.1 | Domain of unknown function (DUF4535) |
XP_057777609.1 |
Pfam | PF15054 |
DUF4535 | Family | 7 | 50 | 2e-26 | 92.1 | Domain of unknown function (DUF4535) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
4 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。