当前解析结果
SmilChr07G003175| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003175 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003175 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003175 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 33799189 - 33800533 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996096 |
|---|---|
| GeneID | 130996096 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996096 |
| 原始查询 | SmilChr07G003175 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814706]; symbol=AT2G01755; hit=AT2G01755; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814706]; symbol=AT2G01755; hit=AT2G01755; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G01755 (AT2G01755)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814706] identity=57.3; qcov=0.568; evalue=3.5e-35; confidence=medium |
| Rice | Os03g0713200- identity=49.5; qcov=0.562; evalue=3.53e-25; confidence=medium |
| GO | GO:0009507 (chloroplast) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24869 (DUF7734) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996096 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057777606.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777606.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777606.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777606.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777606.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:33799453 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
Chr7:33799473 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B38,B39,B7,D3 |
Chr7:33799473 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B38,B39,B7,D3 |
Chr7:33800277 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B119,C27,C31,C41 |
Chr7:33800342 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:33800418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B119,C27,C31,C41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777606.1PF24869
DUF7734 78-165 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777606.1 |
Pfam | PF24869 |
DUF7734 | Domain | 78 | 165 | 2.1e-34 | 117.6 | Domain of unknown function (DUF7734) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。