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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003177

染色体: Chr07 坐标: 33842854-33844633 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003177
名称SmilChr07G003177
描述sec14 cytosolic factor-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向33842854 - 33844633 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996088
GeneID130996088
locus_tag-
NCBI NameLOC130996088
原始查询SmilChr07G003177

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sec14 cytosolic factor-like
产物sec14 cytosolic factor-like
ArabidopsisAT1G14820 (AT1G14820)
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838047]
identity=60.7; qcov=0.956; evalue=2.74e-103; confidence=high
RiceOs01g0926800 (P0482D04.19)
-
identity=32.3; qcov=0.904; evalue=4.63e-43; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777598.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057777598.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057777598.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777598.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:33844149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777598.1
250 aa
N
1
125
250
CRAL_TRIO_N
CRAL_TRIO
C
PF03765 CRAL_TRIO_N 24-50 aa PF00650 CRAL_TRIO 75-226 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777598.1 Pfam PF03765 CRAL_TRIO_N Domain 24 50 4.4e-05 24.3 CRAL/TRIO, N-terminal domain
XP_057777598.1 Pfam PF00650 CRAL_TRIO Domain 75 226 4e-27 95.6 CRAL/TRIO domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921615.1
CTACAAAGAAAATTGAACAACAATAAATATTGAACAAGATCTCCTAAGTAAAAAAGATATACATACTCGTATAATATTTTTTCATTTTTAAATACAAGAATTCATTTAATAAATTTTTAAAACAAATTCCTATATAAATATATATTGGAGTCAAAACTCATTTAACAGGTGAAGACTTACAACAGCTGCATTCTTCTCTCTCTAAAGATGAACCAGAATGAAGAACTGGCAGTAGCCCAGATGAGGAGAGCCGTTCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996088
ATGAACCAGAATGAAGAACTGGCAGTAGCCCAGATGAGGAGAGCCGTTCACAAGCTGGGTTCTTCCACTGAGGGATATGGAGACACAACTCTGAAAAGATTCTTGGTGGCGAGATCCTTCAACATAGATAAGGCAGCGAAGATGTTTGTGCAATGGCGGAATTGGAGGGCTTCGTTTGTGCCCCTCAATCACATTCCTGAATCCCAAATTGGTGATGAACTGCAGCAGAATAAAATATTCCTGCAGGGGCTTTCACCCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777598.1
MNQNEELAVAQMRRAVHKLGSSTEGYGDTTLKRFLVARSFNIDKAAKMFVQWRNWRASFVPLNHIPESQIGDELQQNKIFLQGLSPAGNPVVAVKVHRHVPGKDQLQFKKFVVHLLDKTIASGFREKEIGNEKLVAVLDLQKLAYKNIDIRGMITGFQFLQDYYPERLSKCFLLNMPGFFVRVWRLISRFLEKATLEKIVIVSNEEERRALIREVGADVLPEEYGGQAKFILIQDFQLNNKPLEEKTLLT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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