Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003199`

染色体: Chr07 坐标: 34190480-34191208 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003199`
名称	SmilChr07G003199
描述	uncharacterized SmilChr07G003199
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	34190480 - 34191208 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994132`
GeneID	`130994132`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994132`
原始查询	`SmilChr07G003199`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837300]; symbol=AT1G07850; hit=AT1G07850; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837300]; symbol=AT1G07850; hit=AT1G07850; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G07850` (AT1G07850) transferring glycosyl group transferase (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837300] identity=58.2; qcov=1.01; evalue=2.72e-90; confidence=high
Rice	`Os04g0578800` - identity=47.4; qcov=1.08; evalue=1.03e-63; confidence=high
GO	GO:0008375 (acetylglucosaminyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04646 (DUF604)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057775151.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057775151.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057775151.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775151.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775151.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:34190540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11
`Chr7:34190658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B61,C19,C31
`Chr7:34190699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B25,B29,B71,C70,C76
`Chr7:34190723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr7:34190813`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:34190816`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr7:34190837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr7:34190848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr7:34191022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B25,C1,D10
`Chr7:34191035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:34191121`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr7:34191133`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775151.1

217 aa

108

217

DUF604

PF04646 DUF604 23-190 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775151.1`	Pfam	`PF04646`	DUF604	Family	23	190	1.4e-55	189.2	Protein of unknown function, DUF604

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919168.1
ATGTTGACAAGAATCGCCACTCGATGCCGCCCTTCTCTCCCCAAAATTCCGCTGCTACGCCCGCTGAGAAGCCTGCTGGCGGCGCATCCGGTGGCTCCGCTAGTATCCCTCCACCACCTTGACGTTGTAGATCCGATATTCCCAGGGTTGAGCCGGGTGGAGGGGGTGCGAAGGTTGTTGGAGTCGGTGTGCTACGACAAGGACAAGTACTGGTCCATATCGGTGTCGTGGGGGTACGTGGTGCAGGTGATGAGGGGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994132
ATGTTGACAAGAATCGCCACTCGATGCCGCCCTTCTCTCCCCAAAATTCCGCTGCTACGCCCGCTGAGAAGCCTGCTGGCGGCGCATCCGGTGGCTCCGCTAGTATCCCTCCACCACCTTGACGTTGTAGATCCGATATTCCCAGGGTTGAGCCGGGTGGAGGGGGTGCGAAGGTTGTTGGAGTCGGTGTGCTACGACAAGGACAAGTACTGGTCCATATCGGTGTCGTGGGGGTACGTGGTGCAGGTGATGAGGGGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775151.1
MLTRIATRCRPSLPKIPLLRPLRSLLAAHPVAPLVSLHHLDVVDPIFPGLSRVEGVRRLLESVCYDKDKYWSISVSWGYVVQVMRGIISPRELEMPTRTFLNWYKRADYTAYAFNTRPVARHPCQKPFLFYLTSLRYDHKRRQIVGVYSRHNESHPYCRWKSDSPDKLNTVIVLKRSDGDRWLRSPRRDCWRVLPTRRVSVMYLWVGNCRSGEITEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器