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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003202

染色体: Chr07 坐标: 34217680-34222457 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003202
名称SmilChr07G003202
描述uncharacterized SmilChr07G003202
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向34217680 - 34222457 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994134
GeneID130994134
locus_tag-
NCBI NameLOC130994134
原始查询SmilChr07G003202

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]; symbol=AT1G67420; hit=AT1G67420; species=arabidopsis; confidence=high
产物Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]; symbol=AT1G67420; hit=AT1G67420; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G67420 (AT1G67420)
Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]
identity=51.2; qcov=0.863; evalue=3.35e-170; confidence=high
RiceOs07g0295800
-
identity=53.4; qcov=0.859; evalue=1.47e-166; confidence=high
GOGO:0005747 (GO:0005747)
KEGG-
PfamPF17250 (NDUFB11); PF22248 (ERMP1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057775152.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057775152.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057775152.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775152.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775152.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:34217870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B68,C17,C58,C61
Chr7:34217881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:34218153 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A14,B115,B34,B64,B7,B84,B88,C38,C50
Chr7:34218496 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B117,B139,B4,B41,B75,C20
Chr7:34219090 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B61,C19
Chr7:34219090 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 2 B61,C19
Chr7:34219197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C73,D4
Chr7:34219851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr7:34221432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:34221652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775152.1
539 aa
N
1
270
539
NDUFB11
ERMP1_C
C
PF17250 NDUFB11 1-76 aa PF22248 ERMP1_C 314-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775152.1 Pfam PF17250 NDUFB11 Family 1 76 1.7e-39 135.1 NADH-ubiquinone oxidoreductase 11 kDa subunit
XP_057775152.1 Pfam PF22248 ERMP1_C Domain 314 537 2.7e-27 96.4 Endoplasmic reticulum metallopeptidase 1, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919169.1
ATGGGGTTCATAATGGAATTTGCGGAGAATTTGGTGTTGCGATTGATGGAGGATCCAAACGAGAGAGACAGGAAAGCGAGGGAGAGATTGTACGAGCGGAAGGAGCAGTGCAAGAAGACTCTGGAGATGCATCGGTTGCCCCTGCGCCCCTATGGCTTCTGGACATTTGAGCGCCACAACGCTCAGATCTTCTGGGATGAGCAGATTAGCAATGTCCAAGGCCGCCGATTATTATTCCATGCCTGTGGGATCATATTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994134
ATGGGGTTCATAATGGAATTTGCGGAGAATTTGGTGTTGCGATTGATGGAGGATCCAAACGAGAGAGACAGGAAAGCGAGGGAGAGATTGTACGAGCGGAAGGAGCAGTGCAAGAAGACTCTGGAGATGCATCGGTTGCCCCTGCGCCCCTATGGCTTCTGGACATTTGAGCGCCACAACGCTCAGATCTTCTGGGATGAGCAGATTAGCAATGTCCAAGGCCGCCGATTATTATTCCATGCCTGTGGGATCATATTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775152.1
MGFIMEFAENLVLRLMEDPNERDRKARERLYERKEQCKKTLEMHRLPLRPYGFWTFERHNAQIFWDEQISNVQGRRLLFHACGIIFAILLPICLSILRLLFSGHSMNWFANPFLAFLMFVPCSIVGLLVPRIIWKQFPLSQDVLVLSLSREELDDEARFWGAFGFYTLLTLHYLVSGLSGGFITFFVSVSMLPAWISYRLSVKTFGQQSLRSAASYVIPLVPCLMYSVYFGGFLAVFVIEKMGMTGSHPPPYGYFVPDAI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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