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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003234

染色体: Chr07 坐标: 34304733-34308960 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003234
名称SmilChr07G003234
描述uncharacterized SmilChr07G003234
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向34304733 - 34308960 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994138
GeneID130994138
locus_tag-
NCBI NameLOC130994138
原始查询SmilChr07G003234

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]; symbol=AT1G67420; hit=AT1G67420; species=arabidopsis; confidence=high
产物Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]; symbol=AT1G67420; hit=AT1G67420; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G67420 (AT1G67420)
Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843062]
identity=51.1; qcov=0.998; evalue=4.21e-171; confidence=high
RiceOs07g0295800
-
identity=53.7; qcov=0.994; evalue=9.15e-169; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF22248 (ERMP1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994138

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057775154.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057775154.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057775154.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057775154.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775154.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:34305192 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 54 A15,A6,A8,B1,B108,B115,B119,B120,B122,B126,B128,B22,B25,B3,B34,B36,B38,B39,B4,B44,B46,B48,B51,B63,B64,B67,B68,B7,B81,B83,B88,B90,B92,B97,B98,C11,C17,C21,C24,C28,C3,C38,C49,C50,C64,C65,C69,C70,C79,C8,C83,C87,D3,D7
Chr7:34305215 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 3 B32,C49,C50
Chr7:34305215 T TA 1bp_insertion CDS_variant 3 B32,C49,C50
Chr7:34305344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr7:34305525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:34306896 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr7:34306951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B67,C79
Chr7:34307064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C37,C77
Chr7:34308371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775154.1
465 aa
N
1
232
465
ERMP1_C
C
PF22248 ERMP1_C 240-463 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775154.1 Pfam PF22248 ERMP1_C Domain 240 463 1e-27 97.8 Endoplasmic reticulum metallopeptidase 1, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919171.1
ATGGGATTATTATTCCATGCCTGTGGGATCATATTTGCCATACTTCTGCCGATCTGTTTATCTATTCTGCGGTTACTATTCTCTGGACATTCCATGAACTGGTTTGCAAATCCATTTTTGGCGTTTCTAATGTTTGTGCCATGCTCAATTGTTGGTCTGTTGGTTCCAAGAATTATTTGGAAGCAATTTCCTCTATCTCAAGATGTTTTGGCTCTTTCATTATCACGGGAGGAATTGGATGATGAAGCAAGGTTCTGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994138
ATGGGATTATTATTCCATGCCTGTGGGATCATATTTGCCATACTTCTGCCGATCTGTTTATCTATTCTGCGGTTACTATTCTCTGGACATTCCATGAACTGGTTTGCAAATCCATTTTTGGCGTTTCTAATGTTTGTGCCATGCTCAATTGTTGGTCTGTTGGTTCCAAGAATTATTTGGAAGCAATTTCCTCTATCTCAAGATGTTTTGGCTCTTTCATTATCACGGGAGGAATTGGATGATGAAGCAAGGTTCTGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775154.1
MGLLFHACGIIFAILLPICLSILRLLFSGHSMNWFANPFLAFLMFVPCSIVGLLVPRIIWKQFPLSQDVLALSLSREELDDEARFWGAFGFYTLLTLHYLVSGLSGGFITFFVSVSMLPAWISYCLSVKTFGQQSLRSAASYVIPLVPCLMYSIYFGGFLAVFVIEKMGMTGSHPPPYGYFVPDAIVAAIVGLVTGWCFGPCIPVIGKWLAKPPIIQVLLHGSVLALALSSQFFPYSNDAPKRVVFQHTIQTIDADQVSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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