当前解析结果
SmilChr07G003280| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003280 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003280 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003280 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 34539034 - 34540515 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996154 |
|---|---|
| GeneID | 130996154 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996154 |
| 原始查询 | SmilChr07G003280 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0590366- identity=29.7; qcov=0.46; evalue=1.36e-17; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996154 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777645.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777645.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777645.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777645.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057777645.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:34539468 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr7:34539475 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B129 |
Chr7:34539495 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B53,B63 |
Chr7:34539505 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr7:34539507 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 59 | A1,A10,A16,A2,A21,A24,B102,B103,B11,B110,B112,B122,B127,B13,B134,B136,B14,B17,B21,B23,B26,B3,B31,B35,B4,B49,B53,B56,B6,B60,B74,B75,B86,B88,B89,B96,B99,C10,C15,C17,C18,C22,C23,C27,C29,C3,C36,C4,C41,C49,C61,C62,C67,C72,C79,C87,D1,D10,D11 |
Chr7:34539514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B120,B139,B32,C4 |
Chr7:34539514 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B120,B139,B32,C4 |
Chr7:34539521 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B41,B53,C26,C50,C76 |
Chr7:34539528 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr7:34539545 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B53,C26,C76 |
Chr7:34539560 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B138,B33,B98,B99,C14 |
Chr7:34539567 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 7 | A22,B10,B135,C16,C31,C51,C76 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。