当前解析结果
SmilChr07G003283| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003283 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003283 |
| 描述 | protein POLLEN DEFECTIVE IN GUIDANCE 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 34576083 - 34581424 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996157 |
|---|---|
| GeneID | 130996157 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996157 |
| 原始查询 | SmilChr07G003283 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein POLLEN DEFECTIVE IN GUIDANCE 1 |
| 产物 | protein POLLEN DEFECTIVE IN GUIDANCE 1 |
| Arabidopsis | AT1G67960 (POD1)POLLEN DEFECTIVE IN GUIDANCE-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843124] identity=55; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0715400- identity=66.9; qcov=0.585; evalue=3.85e-175; confidence=medium |
| GO | GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0035437 (maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05346 (DUF747) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996157 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057777649.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057777649.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057777649.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777649.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777649.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:34576345 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C35,C40 |
Chr7:34577725 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,D9 |
Chr7:34578946 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B90,B92,C21,C65 |
Chr7:34578973 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B119,B132,C31,C41 |
Chr7:34580701 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr7:34580866 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B121,B25,C11,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777649.1PF05346
DUF747 282-587 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777649.1 |
Pfam | PF05346 |
DUF747 | Family | 282 | 587 | 1.1e-92 | 311.8 | Eukaryotic membrane protein family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。