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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003285

染色体: Chr07 坐标: 34593221-34594768 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003285
名称SmilChr07G003285
描述uncharacterized SmilChr07G003285
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向34593221 - 34594768 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996158
GeneID130996158
locus_tag-
NCBI NameLOC130996158
原始查询SmilChr07G003285

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996158

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777650.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057777650.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777650.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777650.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777650.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:34593258 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 29 A13,A20,A21,B1,B11,B117,B131,B22,B23,B33,B40,B55,B6,B67,B83,B84,C11,C13,C2,C33,C35,C37,C51,C53,C61,C62,C67,C87,D2
Chr7:34593359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:34593364 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr7:34593376 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,C37
Chr7:34594429 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,B58,C16,C33,C62
Chr7:34594452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B46,B49
Chr7:34594487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B46,B49
Chr7:34594539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B130,B22,B75
Chr7:34594542 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B130,B22,B75
Chr7:34594559 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 122 A10,A15,A18,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B101,B102,B103,B104,B105,B109,B11,B111,B113,B114,B117,B120,B122,B123,B124,B126,B127,B13,B133,B138,B14,B15,B17,B18,B19,B2,B21,B22,B24,B26,B29,B30,B31,B32,B34,B35,B37,B40,B42,B43,B44,B45,B48,B5,B51,B52,B55,B56,B58,B59,B61,B62,B66,B68,B70,B72,B73,B78,B82,B85,B87,B89,B9,B90,B91,B92,B96,B99,C1,C10,C12,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C26,C27,C29,C3,C33,C39,C42,C43,C44,C45,C47,C5,C51,C53,C55,C59,C62,C71,C74,C76,C77,C80,C81,C82,C84,C85,C87,C9,D1,D5,D8
Chr7:34594580 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 22 A19,B1,B106,B124,B125,B17,B21,B25,B7,B77,B80,B89,C11,C35,C40,C49,C50,C65,C69,C70,C86,D11
Chr7:34594611 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921667.1
GAACGAAGGATACTACACCGGGTGAGATGGCCGAGTGGGTTTATATAATTTTTGTTTTTTCTGAAAAATTTGTAGGAGAATATGAGAGGGCAGCCTACACACGGCGAAAAGGTGCAAAAGTCATGGAACGTGGGGTGCCAAGCGAGCCAAGGGCTGGTGGAGATGCTAGGAAGAGGAAGCACAATGCCACCGCTCCAAATAATGTGGGTGTGGTGATTAGAGAAAATGTTCGGATTGAGATAGAGATTGTTCCCAACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996158
ATGGCCGAGTGGGTTTATATAATTTTTGTTTTTTCTGAAAAATTTGTAGGAGAATATGAGAGGGCAGCCTACACACGGCGAAAAGGTGCAAAAGTCATGGAACGTGGGGTGCCAAGCGAGCCAAGGGCTGGTGGAGATGCTAGGAAGAGGAAGCACAATGCCACCGCTCCAAATAATGTGGGTGTGGTGATTAGAGAAAATGTTCGGATTGAGATAGAGATTGTTCCCAACTCTCCGGCGGTTGTGATGAAGAAAACACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777650.1
MAEWVYIIFVFSEKFVGEYERAAYTRRKGAKVMERGVPSEPRAGGDARKRKHNATAPNNVGVVIRENVRIEIEIVPNSPAVVMKKTRHEKRKETLVNYKQELIKPEKDYAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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