Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003296`

染色体: Chr07 坐标: 34774513-34776912 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003296`
名称	SmilChr07G003296
描述	PHD finger-like domain-containing protein 5A
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	34774513 - 34776912 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996166`
GeneID	`130996166`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996166`
原始查询	`SmilChr07G003296`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	PHD finger-like domain-containing protein 5A
产物	PHD finger-like domain-containing protein 5A
Arabidopsis	`AT2G30000` (AT2G30000) PHF5-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817551] identity=98.2; qcov=1; evalue=1.1e-76; confidence=high
Rice	`Os04g0663300` - identity=99.1; qcov=1; evalue=4.77e-77; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0005686 (U2 snRNP); GO:0005689 (U12-type spliceosomal complex); GO:0071011 (precatalytic spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03660 (PHF5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996166

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057777657.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057777657.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057777657.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057777657.1`
5	Nucleolar fibrillar center	Nucleolar fibrillar center	0.20000	`XP_057777657.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:34774969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C60
`Chr7:34775084`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777657.1

110 aa

110

PHF5

PF03660 PHF5 10-104 aa

XP_057777658.1

110 aa

110

PHF5

PF03660 PHF5 10-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777657.1`	Pfam	`PF03660`	PHF5	Domain	10	104	6e-44	148.9	PHF5-like protein
`XP_057777658.1`	Pfam	`PF03660`	PHF5	Domain	10	104	6e-44	148.9	PHF5-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921674.1
CGCCTGGGCCCCCAAACGACGCCGTACCAAAAGTAATTTTGCTGGAGCACTCCAGAAATTTCCCCATCACTATAAAATTTCTTCCCCAGTTGCCGCCTTTCCAGCTCGCTCAAATATTCAGGTTCATTCTGCATTGCTGGAGGTCACTTGATCGAGGATTTAGCAACTTCCTTAGGCATATTAAGAGTTACTTGAAGAATCATGGCCAAGCATCATCCTGATCTGATCATGTGCAGGAAGCAGCCTGGAATAGCAATTGG...

XM_057921675.1
TACTGCGTCCAATTTCGATAATGTTCATTCTGCATTGCTGGAGGTCACTTGATCGAGGATTTAGCAACTTCCTTAGGCATATTAAGAGTTACTTGAAGAATCATGGCCAAGCATCATCCTGATCTGATCATGTGCAGGAAGCAGCCTGGAATAGCAATTGGACGGCTTTGTGAGAAATGTGATGGAAAATGTGTGATCTGTGATTCCTATGTGCGCCCTTGCACCCTTGTCCGTGTATGCGATGAATGCAATTATGGATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130996166
ATGGCCAAGCATCATCCTGATCTGATCATGTGCAGGAAGCAGCCTGGAATAGCAATTGGACGGCTTTGTGAGAAATGTGATGGAAAATGTGTGATCTGTGATTCCTATGTGCGCCCTTGCACCCTTGTCCGTGTATGCGATGAATGCAATTATGGATCATTTCAAGGTCGGTGTGTCATATGTGGAGGGGTGGGGATATCAGATGCATTTTATTGCAAAGAGTGCACACAGCAAGAGAAGGACCGCGATGGCTGTCCTAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057777657.1
MAKHHPDLIMCRKQPGIAIGRLCEKCDGKCVICDSYVRPCTLVRVCDECNYGSFQGRCVICGGVGISDAFYCKECTQQEKDRDGCPKIVNLGSAKTDLFYERKKYGFKKR

XP_057777658.1
MAKHHPDLIMCRKQPGIAIGRLCEKCDGKCVICDSYVRPCTLVRVCDECNYGSFQGRCVICGGVGISDAFYCKECTQQEKDRDGCPKIVNLGSAKTDLFYERKKYGFKKR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器