当前解析结果
SmilChr07G003298| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003298 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003298 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003298 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 34794888 - 34796344 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996168 |
|---|---|
| GeneID | 130996168 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996168 |
| 原始查询 | SmilChr07G003298 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=36.1; qcov=1.04; evalue=1.53e-65; confidence=medium |
| Rice | Os09g0122100- identity=41.2; qcov=1.03; evalue=6.79e-77; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996168 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057777660.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057777660.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057777660.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777660.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057777660.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:34795089 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C20,C59 |
Chr7:34795094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B57,C7,D1 |
Chr7:34795101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 63 | A15,A20,A21,A24,A25,A8,A9,B10,B101,B104,B106,B115,B117,B137,B15,B16,B17,B18,B20,B21,B26,B28,B37,B42,B43,B48,B51,B60,B61,B62,B64,B77,B78,B82,B86,B98,C13,C18,C24,C26,C29,C3,C31,C35,C37,C38,C41,C44,C52,C54,C57,C59,C6,C63,C67,C74,C75,C76,C77,C82,C84,C86,D3 |
Chr7:34795105 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 20 | A25,B100,B112,B125,B130,B134,B15,B22,B26,B40,B50,B79,C16,C19,C20,C29,C5,D10,D5,D9 |
Chr7:34795149 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B1,B16,B5,B98,C34 |
Chr7:34795149 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | B1,B16,B5,B98,C34 |
Chr7:34795154 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B108,B132 |
Chr7:34795154 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B108,B132 |
Chr7:34795167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B16,B98,C22,C34 |
Chr7:34795179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B131,B32,B56,B96,C74 |
Chr7:34795211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr7:34795239 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,C22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777660.1PF26138
DUF8040 1-70 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 95-261 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 103-263 aa
PF04827
Plant_tran 208-265 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777660.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 1 | 70 | 4.9e-20 | 71.9 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057777660.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 95 | 261 | 2.4e-09 | 38.0 | Transposase DDE domain |
XP_057777660.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 103 | 263 | 3.5e-24 | 85.9 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057777660.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 208 | 265 | 8.7e-06 | 26.2 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。