当前解析结果
SmilChr07G003303| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003303 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003303 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003303 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 34967905 - 34968606 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130994158 |
|---|---|
| GeneID | 130994158 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994158 |
| 原始查询 | SmilChr07G003303 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=29.9; qcov=0.459; evalue=4.02e-11; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994158 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057775171.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057775171.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057775171.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775171.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057775171.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:34967925 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr7:34967985 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr7:34968100 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
Chr7:34968120 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C46 |
Chr7:34968124 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B24,B53,B82,B91 |
Chr7:34968124 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B24,B53,B82,B91 |
Chr7:34968177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 43 | A22,A5,A8,B104,B106,B109,B110,B113,B122,B126,B129,B132,B138,B14,B2,B24,B40,B47,B53,B55,B59,B60,B62,B70,B71,B72,B76,B8,B82,B84,B91,C24,C29,C41,C52,C58,C59,C62,C71,C78,C9,D1,D4 |
Chr7:34968180 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B61,C19,C31 |
Chr7:34968224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | A6,B61,C19,C31 |
Chr7:34968224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B61,C19,C31 |
Chr7:34968229 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,C37,C77 |
Chr7:34968303 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B115 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。