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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003308

染色体: Chr07 坐标: 35070874-35073401 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003308
名称SmilChr07G003308
描述zinc finger protein 4-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35070874 - 35073401 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996175
GeneID130996175
locus_tag-
NCBI NameLOC130996175
原始查询SmilChr07G003308

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein 4-like
产物zinc finger protein 4-like
ArabidopsisAT1G66140 (ZFP4)
zinc finger protein 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842928]
identity=48.7; qcov=0.833; evalue=1e-41; confidence=medium
RiceOs03g0239300
-
identity=39.7; qcov=0.85; evalue=4.57e-33; confidence=medium
GOGO:0009788 (negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996175

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057777669.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777669.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777669.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777669.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057777669.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35071216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:35071223 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:35071256 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr7:35071333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr7:35071584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr7:35071644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C2,C27,C37,C39,C54
Chr7:35071656 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr7:35071683 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921686.1
GATTTATGTTGGCAGCTCCAAAAATGAGATGCATTAATGGAAAATAAATAAATTGCATGAATGAATGAACTTAAAAAACAGATTCTGAGCATGCTTTTTCGTTGGTGGGCGGTGTAAGAGATTGAAAGGATCCTTACACTACAGACACTAGTTTCTATGCTGTGTGGGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTTTATAGTTATTTACACATAATGCAAATGTTTTTCATTTGATAGTAGTTAAAGGAGTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996175
ATGATGCCCCCAAATTTGAACATGGAATCCGAGGATGAATCCGAAGTGAGCAGCCAAGTAGCCTCCAACGCCTCCGTCTATTCCAAGGAAGAGAGCAGAAACGCCTCCTCCTGCCTCGACGACTCCTTCAAGCCCGTCGTGCTCGACCTCACCCTCGGCATCAATGGCTGCGGTGAACCTGACCTCAAAGTCCCTACCGAGGCCGTCGCCAACCACCCCCCTCCACCATCCTCGCGAGTCTTCTCGTGCAACTACTGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777669.1
MMPPNLNMESEDESEVSSQVASNASVYSKEESRNASSCLDDSFKPVVLDLTLGINGCGEPDLKVPTEAVANHPPPPSSRVFSCNYCRRKFYSSQALGGHQNAHKRERTLAKRAMRMEMFSDRYASLASLPLHGSAFRSLGIQAHASMHPEHGIRGGGGGGGGGGARFVDQGYFGLPLYMEYNEGELSWPGSFRQMEGFRGNPALDSGQCSDMAEGAAPPPRTDQSSLPDLNLKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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