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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003313

染色体: Chr07 坐标: 35296003-35299820 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003313
名称SmilChr07G003313
描述serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35296003 - 35299820 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996181
GeneID130996181
locus_tag-
NCBI NameLOC130996181
原始查询SmilChr07G003313

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
产物serine/threonine-protein kinase BRI1-like 2
ArabidopsisAT2G01950 (BRL2)
BRI1-like 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814726]
identity=70.5; qcov=0.983; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0114400 (OsBRI1)
-
identity=62.7; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13306 (LRR_5); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF20141 (Island)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996181

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777676.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777676.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777676.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777676.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777676.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35296597 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:35296772 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B56
Chr7:35296772 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B56
Chr7:35296846 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,D5
Chr7:35296851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:35296914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:35297082 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B26,C37,C45
Chr7:35297097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B26,C37,C45
Chr7:35297127 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B26,C37,C54,C83
Chr7:35297152 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,A7,B139,B57,C14
Chr7:35297160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A18,B26,C37,C45
Chr7:35297169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777676.1
1121 aa
N
1
560
1121
LRRNT_2
LRR_8
LRR_5
LRR_6
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_5
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Island
LRR_8
LRR_6
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 35-74 aa PF13855 LRR_8 129-189 aa PF13306 LRR_5 142-258 aa PF13516 LRR_6 150-165 aa PF00560 LRR_1 153-172 aa PF13516 LRR_6 178-190 aa PF00560 LRR_1 178-194 aa PF00560 LRR_1 203-225 aa PF13306 LRR_5 221-309 aa PF13516 LRR_6 250-263 aa PF00560 LRR_1 251-272 aa PF00560 LRR_1 276-298 aa PF13855 LRR_8 276-334 aa PF13516 LRR_6 298-313 aa PF00560 LRR_1 300-319 aa PF00560 LRR_1 325-346 aa PF00560 LRR_1 349-369 aa PF00560 LRR_1 446-468 aa PF00560 LRR_1 518-538 aa PF20141 Island 547-606 aa PF13855 LRR_8 604-645 aa PF13516 LRR_6 609-622 aa PF00560 LRR_1 611-631 aa PF00560 LRR_1 635-656 aa PF00069 Pkinase 837-1108 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 837-1110 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777676.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 35 74 8.3e-13 49.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057777676.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 129 189 1.7e-54 182.1 Leucine rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13306 LRR_5 Repeat 142 258 2.6e-08 34.5 BspA type Leucine rich repeat region (6 copies)
XP_057777676.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 150 165 3.4e-10 39.9 Leucine Rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 153 172 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 178 190 3.4e-10 39.9 Leucine Rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 178 194 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 203 225 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13306 LRR_5 Repeat 221 309 2.6e-08 34.5 BspA type Leucine rich repeat region (6 copies)
XP_057777676.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 250 263 3.4e-10 39.9 Leucine Rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 251 272 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 276 298 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 276 334 1.7e-54 182.1 Leucine rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 298 313 3.4e-10 39.9 Leucine Rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 300 319 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 325 346 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 349 369 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 446 468 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 538 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF20141 Island Domain 547 606 7.3e-21 74.0 Brassinosteroid receptor island domain
XP_057777676.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 604 645 1.7e-54 182.1 Leucine rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 609 622 3.4e-10 39.9 Leucine Rich repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 611 631 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 635 656 1.8e-58 182.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777676.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 837 1108 4.3e-42 145.0 Protein kinase domain
XP_057777676.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 837 1110 2e-42 146.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921693.1
ATTATTATGAGCAAAGGGCCACTGTATTAGATTTCGAACCATAATATCGATCTACATCATCATAGTAGTAATACATAAATGTACACATCGACGTGTAACACGAAAATACACCAACCCCCTCCCCCCTTTTTTGTATGTATAATACAGTCTTGTTCTTCTTGATTATTCATTCATTCCCACTTTCCCTCCCTTTTTGAATATAAAAAACATATGCATGACTTTTTTGTAAAAGATCCTTACTTCACACAAAGGAACTCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996181
ATGGAGATGAAGATGTTGCTAGCTCACCTCGCTCTCCTCCTACTCTCCACCGCCGCCGTCTCTTCTTCGCAGCGAAGATCATCAACATCAACACCATCATCACAGACCGATAAACTCGCCCTCCTCTCCTTCAAGAAGATGATCCAGCAAGATCCCGACGGCACTCTCTCCGACTGGCAGCGCAACACCGACCCATGCACGTTTCACGGCGTCACCTGCAACGATCAACGCCGTGTCACCGCCCTCGATCTCGCCCAATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777676.1
MEMKMLLAHLALLLLSTAAVSSSQRRSSTSTPSSQTDKLALLSFKKMIQQDPDGTLSDWQRNTDPCTFHGVTCNDQRRVTALDLAQSNLVGQISFSPFSSLDMLVSLNLSANSFAINANSSLLQIPYAVKELELSFSGVIGHIPEKMFANCPNLEYVNLAFNNITGFLPENLFLDIDKLKYLDLSYNNISGMISDLKIERCGSLSHLDWSGNQIAGSLPPSFSNCTSLVELIMPENFLSGQIPSAFGALKSLQTLDLSHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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