Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003326`

染色体: Chr07 坐标: 35496391-35499046 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003326`
名称	SmilChr07G003326
描述	uncharacterized SmilChr07G003326
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	35496391 - 35499046 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996192`
GeneID	`130996192`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996192`
原始查询	`SmilChr07G003326`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0106100; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0106100; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G13200` (EMB2769) Cwf15 / Cwc15 cell cycle control family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820510] identity=74.3; qcov=1.04; evalue=7.95e-95; confidence=high
Rice	`Os06g0106100` - identity=73.5; qcov=1.04; evalue=4.27e-105; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0045292 (mRNA cis splicing, via spliceosome); GO:0071013 (catalytic step 2 spliceosome)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04889 (Cwf_Cwc_15)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777685.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777685.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777685.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777685.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057777685.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:35496786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C35,C39,C40
`Chr7:35496794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:35496822`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B17
`Chr7:35496822`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B17
`Chr7:35496832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	39	A10,A14,A16,A20,A25,B103,B121,B16,B36,B40,B44,B49,B50,B56,B58,B6,B69,B72,B74,B76,B79,B82,B85,B95,B96,C19,C27,C30,C38,C4,C41,C43,C60,C72,C73,C82,C86,D1,D3
`Chr7:35497397`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B35,C4
`Chr7:35497411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B46,B62,B90,C26,C84
`Chr7:35497448`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1
`Chr7:35497594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,B72
`Chr7:35497599`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:35497734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B22,B9,C42
`Chr7:35497772`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777685.1

222 aa

111

222

Cwf_Cwc_15

PF04889 Cwf_Cwc_15 1-222 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777685.1`	Pfam	`PF04889`	Cwf_Cwc_15	Family	1	222	9.6e-70	235.9	Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921702.1
ATTTGAAAGTATATAAAGACTAGTCATTCTTATCGAAATAGGCTGGCATTGCTTCGAGGCCGTCCCTCGGCCCATTAGAAGTATGTAAAAGCCCGATCTATAGAATGTGGGCTGTTGGCCCATTAAGGGCGATCCGAGTCTGAGCCCGATCCCGTCTAAGGAGAAAGGGTTATAGTTGTAAATTGAGTTGTCGAGCTCTCTATTTCGTCCTTACCTTAGATTACATTATCCGTCTCCCACAGAAATTCCCAAATCGAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996192
ATGACGACGACGGCAAGACCTACGTGGGCACCCGCGAAAGCTGGGAATGAACAAGGGGAAACTCGAATCTTCGGTCCATCTCAAAAGTATTCGTCGAGGGACATCGCTTCTCATACTACCCTCAAACCCAGAAAGGAAGGACAAGACACCCAAGACGAGGTGCAAAGGAGAAATCTCAGGGACGAGCTAGAGGATCGAGAGAGGAGGCATTTCTCATCAAAAGAGGATAGAGATCGCCGGAAAGGAAATCATCTTCTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777685.1
MTTTARPTWAPAKAGNEQGETRIFGPSQKYSSRDIASHTTLKPRKEGQDTQDEVQRRNLRDELEDRERRHFSSKEDRDRRKGNHLLLEGSRREVEGRIVPRSIDADDADVDAQSDDDSDDEDDDDDEEALLLELERLRKEKAEQKEREEREKQEEELKAKEEQLLRGNPLLNNPTSFSVKRRWDDDVVFRNQARGETKTPKRFINDTIRNDFHRKFLHKYMK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器