Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003329`

染色体: Chr07 坐标: 35536374-35538552 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003329`
名称	SmilChr07G003329
描述	uncharacterized SmilChr07G003329
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	35536374 - 35538552 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996194`
GeneID	`130996194`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996194`
原始查询	`SmilChr07G003329`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transmembrane protein C9orf5 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835694]; symbol=AT5G55960; hit=AT5G55960; species=arabidopsis; confidence=high
产物	transmembrane protein C9orf5 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835694]; symbol=AT5G55960; hit=AT5G55960; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G55960` (AT5G55960) transmembrane protein C9orf5 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835694] identity=70.9; qcov=0.986; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0297700` - identity=56.1; qcov=1.02; evalue=7.99e-179; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01594 (AI-2E_transport)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996194

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057777687.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057777687.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057777687.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777687.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777687.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:35536413`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B53
`Chr7:35536445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:35536454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B136
`Chr7:35536470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:35536543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr7:35536553`	`CAG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	12	B10,B109,B118,B134,B137,B42,B43,B77,B97,C15,C45,D9
`Chr7:35536690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr7:35536724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr7:35536744`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr7:35536748`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:35536806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B131
`Chr7:35536872`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	18	A1,A23,B106,B117,B139,B38,B4,B41,B46,B48,B57,B74,B75,B88,C20,C24,C75,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777687.1

484 aa

242

484

AI-2E_transport

PF01594 AI-2E_transport 269-471 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777687.1`	Pfam	`PF01594`	AI-2E_transport	Domain	269	471	3.6e-10	40.5	AI-2E family transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921704.1
GTCAGGTGGCTCGTTATGGCTATGAGTAGGAGAAAGAGCGCTTTCTACAAGCTGGTCAGGTGGCTCGTTTCGTTTTGGTTGTTTGTGATGGCCTACGAAGTCATTGGTGGGATGGGGTCCATTTCGCTCGTCGCCTTAGGGTTCATGTTCACCACTAATGCTGTCGATTCCACCATGAGCAGAGTCACTACATTTAGAAGCAACAGTTTCCGCAGGCTGCCCGTCAGTGCGTTTTTCACCAGGGCCATTTTGACACGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996194
ATGGCTATGAGTAGGAGAAAGAGCGCTTTCTACAAGCTGGTCAGGTGGCTCGTTTCGTTTTGGTTGTTTGTGATGGCCTACGAAGTCATTGGTGGGATGGGGTCCATTTCGCTCGTCGCCTTAGGGTTCATGTTCACCACTAATGCTGTCGATTCCACCATGAGCAGAGTCACTACATTTAGAAGCAACAGTTTCCGCAGGCTGCCCGTCAGTGCGTTTTTCACCAGGGCCATTTTGACACGATTGAAGACTTTTGTTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777687.1
MAMSRRKSAFYKLVRWLVSFWLFVMAYEVIGGMGSISLVALGFMFTTNAVDSTMSRVTTFRSNSFRRLPVSAFFTRAILTRLKTFVAIGLIVAMILGSLSGIIFFSYKIGLEGKDAVFALKSHVEQSNYAEKIGVKKWMDENDVPGMVDMYSTKLYETVSDQIDSLAMQYNMTEFVVGIKQFVITPSGNTSSKSTALMTPSPYAERFLSLKNRVRERHWSQIYAEVDALFREVVITREDLVEKAKGFASQGMNVMQSVLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器