Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003338`

染色体: Chr07 坐标: 35758347-35764579 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003338`
名称	SmilChr07G003338
描述	IAA-alanine resistance protein 1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	35758347 - 35764579 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996203`
GeneID	`130996203`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996203`
原始查询	`SmilChr07G003338`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	IAA-alanine resistance protein 1
产物	IAA-alanine resistance protein 1
Arabidopsis	`AT1G68100` (IAR1) ZIP metal ion transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843138] identity=64.7; qcov=0.904; evalue=5.38e-162; confidence=high
Rice	`Os08g0467400` - identity=60.7; qcov=0.801; evalue=2.2e-135; confidence=high
GO	GO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0006882 (intracellular zinc ion homeostasis); GO:0016020 (membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF02535 (Zip)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057777696.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057777696.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.40000	`XP_057777696.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057777696.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057777696.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:35762748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B33,B50
`Chr7:35763359`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B50
`Chr7:35763826`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C41
`Chr7:35763826`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C41
`Chr7:35764016`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr7:35764095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777696.1

477 aa

238

477

Zip

PF02535 Zip 103-473 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777696.1`	Pfam	`PF02535`	Zip	Family	103	473	2.9e-58	198.3	ZIP Zinc transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921713.1
ATCTTTACACAATGAAAATGAAAATCCTAGAAATTCTGAAATTGAGTTTTATTAAATTCATACATTAAAGGCATGCTACACTACATAACTCTCATATGAACAGATGAATTCTACAGCAGATAAAATAAACTCACACAATAATCTTTGAATTCCTTTTCTTTTCTTTCTTCTTTCTCGTGATATAGTGATAATTTGTAATGTAGCTGAATTTCTTATTCAATTCTGCAAAGCAGTTTCCATAGAATCCAATCCTCAATCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996203
ATGGGGGCCATTTCAGTTAGTCGGCGGCAGATCTACTACTGTATGTTTGGCGTTTTGGCGGTGGTGGGGTTTGGATTGTCTGCGGCGGCGGCCCACCAGTGCAGCCACGACCACCATCACCATGATCACCATGTACATGATGACGAGGATATAGGGTTGTTGAAGAAGAATCAAGGGCAGCAGGCGCTTCTTCCAGAGGAAATTGCTGAAGAGGAAGATCTGAAGATGATGTGGGGCCATGATGATGATCATCATGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777696.1
MGAISVSRRQIYYCMFGVLAVVGFGLSAAAAHQCSHDHHHHDHHVHDDEDIGLLKKNQGQQALLPEEIAEEEDLKMMWGHDDDHHEFGHGHHEHDGDLELSGLGLWINAMGCSLLVSLASLICLILLPFIFVQGKPSKAFVDSLALFGAGAMLGDAFLHQLPHAFGGEQAAHSHDHHDDHHHEHSGQSHLHSHSHSLKDLSVGLSILAGIIVFLIVEKLVRYVEEYSGGVNDWNTGHHHHHHHKHSNKLKDDDHVDENHQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器