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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003339

染色体: Chr07 坐标: 35801258-35802758 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003339
名称SmilChr07G003339
描述BTB/POZ and MATH domain-containing protein 3-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向35801258 - 35802758 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996204
GeneID130996204
locus_tag-
NCBI NameLOC130996204
原始查询SmilChr07G003339

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ and MATH domain-containing protein 3-like
产物BTB/POZ and MATH domain-containing protein 3-like
ArabidopsisAT2G39760 (BPM3)
BTB/POZ/MATH-domains containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818561]
identity=56.5; qcov=1.12; evalue=1.53e-126; confidence=high
RiceOs07g0101400 (OsMB9)
-
identity=55.2; qcov=1.07; evalue=2.74e-120; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0016567 (protein ubiquitination)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF22486 (MATH_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777697.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057777697.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057777697.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777697.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:35801574 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 D10
Chr7:35801574 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 1 D10
Chr7:35801625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B52,B86,C79
Chr7:35801642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:35801686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:35801707 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 7 A10,A18,B5,B66,B72,C42,C43
Chr7:35801711 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr7:35801841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C48,C60
Chr7:35801922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C55
Chr7:35801975 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C2,C39
Chr7:35802010 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A10,B5,B66,B72,C42,C43
Chr7:35802154 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777697.1
304 aa
N
1
152
304
MATH_2
BTB
C
PF22486 MATH_2 26-154 aa PF00651 BTB 171-276 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777697.1 Pfam PF22486 MATH_2 Domain 26 154 9.7e-29 101.1 MATH domain
XP_057777697.1 Pfam PF00651 BTB Domain 171 276 3.4e-22 79.4 BTB/POZ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921714.1
GACGAACTTGGGGAGACACCAAAATTCTTCGGCATAAACTTTCTTTTTCACTTTTGAAGTCTAATCTTTATTTTTCCACTATTGAGCAACTGTGCCGCTTATTCAAGGGTTTTCACATTCTAATAAAATGATGGTCAACGCCGGCGAAGCCTACATCGTGATCGACTCCAGCTCGACGTCGATCAACGAGACGGTGAATGGGACGCACCACTTTACCATCTGCGGCTACTCTCTGGCCAAGGGCATGGGCCCCGGAAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996204
ATGATGGTCAACGCCGGCGAAGCCTACATCGTGATCGACTCCAGCTCGACGTCGATCAACGAGACGGTGAATGGGACGCACCACTTTACCATCTGCGGCTACTCTCTGGCCAAGGGCATGGGCCCCGGAAAGTACGTTTCTTCCGACACCTTCAGCATCGGAGGCTACGATTGGGCGATTTACTTCTATCCCGATGGGAAAAACCCCGATGATTCATCCGCGTACGTGTCGGTTTTCATGGCGTTAGTGAGCGAGGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777697.1
MMVNAGEAYIVIDSSSTSINETVNGTHHFTICGYSLAKGMGPGKYVSSDTFSIGGYDWAIYFYPDGKNPDDSSAYVSVFMALVSEGTDVRAVFEVALLDQSGKGKHKVHSHFESGPCTLKYRGSMWGYKRFFRRAALEAYDFLKDDCLSMHCTVGVVRTRVEGASDMGESLKHLLDCDVVFKVGKESFKAHKKVLAARCPVFRAQFLGNPNSDKVEVEDVEPSIFKALLHFIYFDQLPDFTENIVDSTPAIMMLRLLAAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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