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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003391

染色体: Chr07 坐标: 36759265-36762402 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003391
名称SmilChr07G003391
描述alpha-galactosidase 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36759265 - 36762402 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992996
GeneID130992996
locus_tag-
NCBI NameLOC130992996
原始查询SmilChr07G003391

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha-galactosidase 1-like
产物alpha-galactosidase 1-like
ArabidopsisAT5G08380 (AGAL1)
alpha-galactosidase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830736]
identity=74.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0493600 (alphaGa1)
-
identity=64.4; qcov=0.92; evalue=1.55e-180; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process)
KEGGsmil00052 (Galactose metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00600 (Sphingolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00603 (Glycosphingolipid biosynthesis - globo and isoglobo series - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF16499 (Melibiase_2); PF17450 (Melibiase_2_C); PF17801 (Melibiase_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992996

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057773700.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057773700.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057773700.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773700.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773700.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36762078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D11
Chr7:36762151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,D9
Chr7:36762267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C15,C21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773700.1
400 aa
N
1
200
400
Melibiase_2
Melibiase_2_C
Melibiase_C
C
PF16499 Melibiase_2 43-307 aa PF17450 Melibiase_2_C 310-343 aa PF17801 Melibiase_C 319-396 aa
XP_057773701.1
400 aa
N
1
200
400
Melibiase_2
Melibiase_2_C
Melibiase_C
C
PF16499 Melibiase_2 43-307 aa PF17450 Melibiase_2_C 310-343 aa PF17801 Melibiase_C 319-396 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773700.1 Pfam PF16499 Melibiase_2 Family 43 307 1.5e-76 258.2 Alpha galactosidase A
XP_057773700.1 Pfam PF17450 Melibiase_2_C Domain 310 343 3.4e-05 24.7 Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain
XP_057773700.1 Pfam PF17801 Melibiase_C Domain 319 396 2.9e-18 66.4 Alpha galactosidase C-terminal beta sandwich domain
XP_057773701.1 Pfam PF16499 Melibiase_2 Family 43 307 1.5e-76 258.2 Alpha galactosidase A
XP_057773701.1 Pfam PF17450 Melibiase_2_C Domain 310 343 3.4e-05 24.7 Alpha galactosidase A C-terminal beta sandwich domain
XP_057773701.1 Pfam PF17801 Melibiase_C Domain 319 396 2.9e-18 66.4 Alpha galactosidase C-terminal beta sandwich domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917718.1
AAATTCAAAGATCAAACTCATCGAAATTGTTGAATTCCACCACAAATAAATAAATAAATACATTTGTTTAGGCCCTACCTAGCCTACTAATCTTGAAACAATTATTGAAACCCAGCCAAATTTGTGTAAACCATTTAATTAGTGACGTCGAAGCTAGTTGAAATCATGTAATCAATTTAATTTTTTTCAAAAAAATCGATTTAACTTGATTGCATAGAAAAGTATAACCACATCAGCAGAAGGAAAGAAGAAGACGAATG...
XM_057917717.1
GTCGAAGCTAGTTGAAATCATGTAATCAATTTAATTTTTTTCAAAAAAATCGATTTAACTTGATTGCATAGAAAAGTATAACCACATCAGCAGAAGGAAAGAAGAAGACGAATGTGAAGGTGGGCCCAATCTGAGATGGAGATAGAGACGCATTATTGCTTGAAATGAACTTAACTCCATTGCTCAGCTATGGAGGCATCATCACTTCCGCCATGCTCGATTACCTTCTTGCTGCTGCTGCTGCTAACCATAACTGTTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992996
ATGGAGGCATCATCACTTCCGCCATGCTCGATTACCTTCTTGCTGCTGCTGCTGCTAACCATAACTGTTACCGTTAATGCTGATAGCTTAAGCCGACGCGCTCTGCTGGCTAACGGCCTCGCCGCTACTCCGCCTATGGGGTGGAATAGTTGGAACCATTTCAACTGTTTTATTGATGAGAAGATGATTAAAGAAACTGCTGATGCTCTTATCTCAACTGGCCTTGCGAATCTCGGATATAAATTCGTTAACATTGATGA...
LOC130992996
ATGGAGGCATCATCACTTCCGCCATGCTCGATTACCTTCTTGCTGCTGCTGCTGCTAACCATAACTGTTACCGTTAATGCTGATAGCTTAAGCCGACGCGCTCTGCTGGCTAACGGCCTCGCCGCTACTCCGCCTATGGGGTGGAATAGTTGGAACCATTTCAACTGTTTTATTGATGAGAAGATGATTAAAGAAACTGCTGATGCTCTTATCTCAACTGGCCTTGCGAATCTCGGATATAAATTCGTTAACATTGATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773700.1
MEASSLPPCSITFLLLLLLTITVTVNADSLSRRALLANGLAATPPMGWNSWNHFNCFIDEKMIKETADALISTGLANLGYKFVNIDDCWAEISRDDKGNLVPKNSTFPSGLKALADYVHSKGLKLGIYSDAGYFTCSNKMPGSLGHEEQDAKTFASWGIDYLKYDNCNNDGSKPLVRYPVMTRALMNAGRPIFFSLCEWGDMHPALWGASVGNSWRTTNDIADNWDSMISRADQNEVYADYARPGGWNDPDMLEIGNGGM...
XP_057773701.1
MEASSLPPCSITFLLLLLLTITVTVNADSLSRRALLANGLAATPPMGWNSWNHFNCFIDEKMIKETADALISTGLANLGYKFVNIDDCWAEISRDDKGNLVPKNSTFPSGLKALADYVHSKGLKLGIYSDAGYFTCSNKMPGSLGHEEQDAKTFASWGIDYLKYDNCNNDGSKPLVRYPVMTRALMNAGRPIFFSLCEWGDMHPALWGASVGNSWRTTNDIADNWDSMISRADQNEVYADYARPGGWNDPDMLEIGNGGM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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