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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003404

染色体: Chr07 坐标: 36954811-36958266 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003404
名称SmilChr07G003404
描述phytosulfokine receptor 1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向36954811 - 36958266 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996294
GeneID130996294
locus_tag-
NCBI NameLOC130996294
原始查询SmilChr07G003404

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phytosulfokine receptor 1
产物phytosulfokine receptor 1
ArabidopsisAT2G02220 (PSKR1)
phytosulfokin receptor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814753]
identity=57.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0629400
-
identity=53.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057777784.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777784.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777784.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777784.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777784.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:36955796 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C7
Chr7:36956373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:36956658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C47,C65
Chr7:36957067 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B132,B91,C35
Chr7:36957874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr7:36957973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C2,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777784.1
1010 aa
N
1
505
1010
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 26-61 aa PF00560 LRR_1 94-116 aa PF00560 LRR_1 118-137 aa PF00560 LRR_1 334-356 aa PF13855 LRR_8 410-467 aa PF00560 LRR_1 434-455 aa PF00560 LRR_1 457-478 aa PF13855 LRR_8 538-598 aa PF00560 LRR_1 540-559 aa PF00560 LRR_1 563-585 aa PF00069 Pkinase 728-995 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 730-994 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777784.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 26 61 9.5e-08 32.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 116 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 137 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 334 356 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 410 467 1.1e-38 131.5 Leucine rich repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 434 455 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 457 478 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 538 598 1.1e-38 131.5 Leucine rich repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 540 559 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 563 585 2.6e-36 116.5 Leucine Rich Repeat
XP_057777784.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 728 995 1.1e-44 153.5 Protein kinase domain
XP_057777784.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 730 994 3.8e-41 141.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921801.1
GTCCTTTAATTGCCCAACGGCCCTCTCTCCTCTCCCTCCAAAATTCCCAAGAAAAACAGCCTCCTTTATTGGACCAAAAACAGAGCAGCTGCCTTTTTCAACTCAAATACTACTAATATTCAAAACCAGCTTCCTCTTCTTCTTCTCCATTCTCTGCAAACCTAAACCAAAACTTTCTGCTACTCAAAATCAATTCATGAGAAGCAAAATTAATTGAACTTTCCAAGGGTATCTTGTGTAGATGACTGTCTGGCTTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996294
ATGACTGTCTGGCTTCTCTTCATAATCCTCACCTTTCTCGGATTCTCATCTCCAGCTCAGAACCTCACCTGCAACTCCAATGATTTCCAAGCTCTCAACGCCTTTGCGCACCACCTCGATTCACCTCTTGATGGATGGGATGTCAACTCCTCCTGCTGCGATTGGCCCGGCGTCACTTGCTCTTCTCCGCCGTCTCCCGCCGCCGCTAGGGTTATTAAGCTGGAGCTCGCCGGCAGGAGGCTCTTCGGCAACCTCTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777784.1
MTVWLLFIILTFLGFSSPAQNLTCNSNDFQALNAFAHHLDSPLDGWDVNSSCCDWPGVTCSSPPSPAAARVIKLELAGRRLFGNLSDSLATLEQLKTLNLSRNYLKGFIPLSLLHLLHLEILDLSYNDISGSFPSTINLPSITVINFSENSITGAVPAEICINSSRIRVLNVADNFLNGVVPIGLGNCTSLEELALATNLISGALPEDLFRLQNLNKLYLQENLLSGQLSRLIGNLSNLVRIDLSLNRLSGNLPDVFDRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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