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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003412

染色体: Chr07 坐标: 37155031-37162181 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003412
名称SmilChr07G003412
描述ubiquitin-like-specific protease 1C
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37155031 - 37162181 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130993104
GeneID130993104
locus_tag-
NCBI NameLOC130993104
原始查询SmilChr07G003412

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-like-specific protease 1C
产物ubiquitin-like-specific protease 1C
ArabidopsisAT1G10570 (OTS2)
Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837598]
identity=46.4; qcov=0.952; evalue=2.96e-37; confidence=medium
RiceOs12g0606900 (OsOTS2)
-
identity=47.1; qcov=0.952; evalue=4.75e-39; confidence=medium
GOGO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG-
PfamPF02902 (Peptidase_C48)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130993104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773822.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773822.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057773818.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057773822.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773818.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37155359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr7:37156076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B16,B5,C60
Chr7:37156134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B52,B86
Chr7:37157212 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 17 B137,B21,B36,B64,B66,B70,B83,B90,B91,B92,B97,C23,C26,C32,C68,C74,C87
Chr7:37157339 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 70 A19,A2,A21,A3,A7,A8,A9,B10,B101,B104,B110,B111,B113,B118,B126,B127,B132,B138,B139,B18,B20,B27,B30,B35,B41,B48,B5,B57,B59,B6,B60,B63,B64,B75,B77,B78,B83,B84,B85,B90,B95,B97,B98,C1,C13,C16,C24,C27,C29,C30,C31,C33,C4,C44,C48,C51,C52,C53,C54,C56,C6,C61,C63,C65,C67,C81,C82,D4,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773818.1
191 aa
N
1
96
191
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 16-162 aa
XP_057773819.1
191 aa
N
1
96
191
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 16-162 aa
XP_057773820.1
191 aa
N
1
96
191
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 16-162 aa
XP_057773821.1
191 aa
N
1
96
191
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 16-162 aa
XP_057773822.1
147 aa
N
1
74
147
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 14-118 aa
XP_057773823.1
147 aa
N
1
74
147
Peptidase_C48
C
PF02902 Peptidase_C48 14-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773818.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 16 162 2.2e-25 90.5 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057773819.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 16 162 2.2e-25 90.5 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057773820.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 16 162 2.2e-25 90.5 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057773821.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 16 162 2.2e-25 90.5 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057773822.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 14 118 5e-16 59.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain
XP_057773823.1 Pfam PF02902 Peptidase_C48 Domain 14 118 5e-16 59.9 Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917835.1
GAGGGGAGGAGAATTGGGGATTAAGAGTTTCAAACTCTTGACCTCAAGAGTAAAAACTGATGCTTTATCCACCCGACCACCACAAGATTTTGTATATTTAATCTGAAAACATATATATTTCGAGCAGTAGCGATTGATAAAGGTATATTTTTCTATCCCCCATTGTCAGTCACTCCCTCGAATGAAATAATTAATCTACAGAAAACAAAATTTTTGCAATGGATAGTCTTCCACCGCCGGTGCAGTGAAAGCTCGCTGAT...
XM_057917839.1
GAGGAGAATTGGGGATTAAGAGTTTCAAACTCTTGACCTCAAGAGTAAAAACTGATGCTTTATCCACCCGACCACCACAAGATTTTGTATATTTAATCTGAAAACATATATATTTCGAGCAGTAGCGATTGATAAAGGTATATTTTTCTATCCCCCATTGTCAGTCACTCCCTCGAATGAAATAATTAATCTACAGAAAACAAAATTTTTGCAATGGATAGTCTTCCACCGCCGGTGCAGTGAAAGCTCGCTGATTGGGG...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130993104
ATGAACAATCTCCTCATTGATCTCAGGCTCAGGAGGAGCAGATCTCATTGGAAAAATGAGAATATATTCCAGAAACCATACATTTTCCTCCCAATTGGTGGATCTGACCATTGGAGCTTGGTTATTGTAAGCATGCCAAGTAAAGAAGATGACTTCGGGCCAATGATGCTGCATTTGGATTCCTTGCATTCGGATTTCCATAGATGTCATGTCAGCGAGTCAATTTTCAATAATGTGAGGAGCTTTCTTGTAGAAGAATG...
LOC130993104
ATGAACAATCTCCTCATTGATCTCAGGCTCAGGAGGAGCAGATCTCATTGGAAAAATGAGAATATATTCCAGAAACCATACATTTTCCTCCCAATTGGTGGATCTGACCATTGGAGCTTGGTTATTGTAAGCATGCCAAGTAAAGAAGATGACTTCGGGCCAATGATGCTGCATTTGGATTCCTTGCATTCGGATTTCCATAGATGTCATGTCAGCGAGTCAATTTTCAATAATGTGAGGAGCTTTCTTGTAGAAGAATG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057773818.1
MNNLLIDLRLRRSRSHWKNENIFQKPYIFLPIGGSDHWSLVIVSMPSKEDDFGPMMLHLDSLHSDFHRCHVSESIFNNVRSFLVEEWELLKKEGLPELPLAENIWNELSQRIGQKVLKVPQQTNGYDCGLFVLFFIERFINDVPERLKTQHLDMLQKEWFKPEEASELRSRIRDLLKQEFKEANVIPTTAV
XP_057773819.1
MNNLLIDLRLRRSRSHWKNENIFQKPYIFLPIGGSDHWSLVIVSMPSKEDDFGPMMLHLDSLHSDFHRCHVSESIFNNVRSFLVEEWELLKKEGLPELPLAENIWNELSQRIGQKVLKVPQQTNGYDCGLFVLFFIERFINDVPERLKTQHLDMLQKEWFKPEEASELRSRIRDLLKQEFKEANVIPTTAV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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