Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003413

染色体: Chr07 坐标: 37165794-37168257 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003413
名称SmilChr07G003413
描述uncharacterized SmilChr07G003413
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37165794 - 37168257 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996242
GeneID130996242
locus_tag-
NCBI NameLOC130996242
原始查询SmilChr07G003413

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996242

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057777735.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057777737.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777735.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777735.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057777735.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37166225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B40,B44,C63
Chr7:37166251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B56,B96,C65
Chr7:37166261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr7:37166273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr7:37166292 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 87 A1,A10,A13,A14,A19,A20,A24,A6,A7,A9,B100,B101,B102,B104,B106,B109,B11,B112,B113,B114,B118,B119,B125,B127,B129,B13,B131,B2,B21,B22,B23,B24,B28,B3,B31,B35,B38,B39,B40,B41,B45,B48,B5,B53,B58,B61,B63,B66,B70,B71,B80,B82,B86,B88,B91,B92,B93,B94,B96,C16,C19,C24,C32,C33,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C48,C54,C56,C6,C60,C61,C65,C68,C75,C77,C9,D1,D2,D3,D4,D5,D8
Chr7:37166323 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A15,A23,A6,B100,B102,B103,B13,B136,B139,B38,B39,B4,B41,B46,B49,B5,B51,B52,B54,B63,B7,B79,B86,C17,C18,C25,C27,C28,C36,C43,C49,C55,C64,C66,C7,C76
Chr7:37166342 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A5,B106,B2,B8,C58,C62,C78
Chr7:37166343 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B13,B24
Chr7:37166350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B3,C24,D4
Chr7:37166351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B33,B40,B44,C63
Chr7:37166358 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A24,B108,B119,B135,B138,B31,B94,C80,C87
Chr7:37166486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009092456.1
TTTCTTTTCTCAAGTTTCCAAATTATTCAATCAATCTTCCCACAAATCATAATACAATACATGTTCAAGCCCCCATATTCTTTCTCTTTCCTACGTGGCACACTCACAATGCTTTATTTTATACTATCTGAAAGCCTTTTTTTTCTCAATTTTTCAAAGCCTTGTGCGGTTCTGCCTTACAATTTTTGAAAGCTTCTTCATTCTCTATTATTCAGCCGTTACTTTTCTCATACTTATCTCACAATATGAGATGATTGAAA...
XR_009092455.1
CTTTTCTCAAGTTTCCAAATTATTCAATCAATCTTCCCACAAATCATAATACAATACATGTTCAAGCCCCCATATTCTTTCTCTTTCCTACGTGGCACACTCACAATGCTTTATTTTATACTATCTGAAAGCCTTTTTTTTCTCAATTTTTCAAAGCCTTGTGCGGTTCTGCCTTACAATTTTTGAAAGCTTCTTCATTCTCTATTATTCAGCCGTTACTTTTCTCATACTTATCTCACAATATGAGATGATTGAAAAAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130996242
ATGTGCTTCATCCATGGCTGCAAACGCCTCTTCTCGACAACTACAGATTCATCCATGGCTGCAAACGAGGCAGATTCAGTCTCTCTATCTCTTTCAATTTCAATGGCCCAAATTTGGGAGGTGCTTCATCCATGGCTGCACCCCACGCTACAGATCCATGATTCAAGCCTATTCCTCTACAAGTGGGCTTTAGAAATTGCAGAGAGAGGGAAAAGTTGCATGTCATTTTTCATCCTTGGAGCAACAACAGTTAATATGGC...
LOC130996242
ATGTGCTTCATCCATGGCTGCAAACGCCTCTTCTCGACAACTACAGATTCATCCATGGCTGCAAACGAGGCAGATTCAGTCTCTCTATCTCTTTCAATTTCAATGGCCCAAATTTGGGAGGTGCTTCATCCATGGCTGCACCCCACGCTACAGATCCATGATTCAAGCCTATTCCTCTACAAGTGGGCTTTAGAAATTGCAGAGAGAGGGAAAAGTTGCATGTCATTTTTCATCCTTGGAGCAACAACAGTTAATATGGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057777735.1
MCFIHGCKRLFSTTTDSSMAANEADSVSLSLSISMAQIWEVLHPWLHPTLQIHDSSLFLYKWALEIAERGKSCMSFFILGATTVNMAGKQRDFGGVEKGDDQATRLDPRKKNISSDFSR
XP_057777736.1
MCFIHGCKRLFSTTTDSSMAANEADSVSLSLSISMAQIWEVLHPWLHPTLQIHDSSLFLYKWALEIAERGKSCMSFFILGATTVNMAGKQRDFGGVEKGDDQATRLDPRKKNISSDFSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器