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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003415

染色体: Chr07 坐标: 37232324-37232791 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003415
名称SmilChr07G003415
描述uncharacterized SmilChr07G003415
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37232324 - 37232791 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994186
GeneID130994186
locus_tag-
NCBI NameLOC130994186
原始查询SmilChr07G003415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828539]; symbol=AT4G24370; hit=AT4G24370; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828539]; symbol=AT4G24370; hit=AT4G24370; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G24370 (AT4G24370)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828539]
identity=48; qcov=0.955; evalue=7.99e-26; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994186

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057775201.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775201.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057775201.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775201.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37232372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B93,C20,D7
Chr7:37232392 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 16 A22,B1,B13,B136,B15,B23,B24,B40,B95,B98,C18,C27,C48,C53,C73,C9
Chr7:37232437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:37232443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr7:37232548 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B136,B30,B93
Chr7:37232548 T TCA 2bp_insertion CDS_variant 3 B136,B30,B93
Chr7:37232550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B9
Chr7:37232603 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr7:37232641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B24
Chr7:37232730 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 68 A1,A11,A19,A22,A5,A9,B10,B104,B106,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B118,B131,B137,B2,B22,B23,B27,B28,B42,B43,B47,B52,B60,B65,B71,B73,B76,B77,B8,B80,B89,B95,B97,B98,C1,C15,C24,C29,C30,C44,C45,C46,C48,C52,C54,C56,C57,C58,C59,C6,C61,C62,C64,C66,C78,C82,C86,C9,D10,D11,D6,D8
Chr7:37232739 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 18 A2,A21,B101,B13,B132,B20,B28,B6,B63,B65,B83,B91,C35,C45,C56,C63,C67,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919218.1
ATGAACAATTTAGGGAAGATAGCGAGCGACGACGATGAGGTGGAGCAGCTGCTGCGAGCAGCGCAGGATGACGTGCTTCTCAAACTCAGCGTCGATTCCCACACGGCGCGCGGCTCCGGCGCCGCCGCCATCGACCCAGATCTCGACCGCCGTTTCCTGGCCCTAAAGAAACCCCAGAAGCTCTCGAAACACGACGATTCTGTGAAGAATCCCCCAAAAGAAGCTCGCAAAGCGGCGGATGACGACCTGCTCATCAGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994186
ATGAACAATTTAGGGAAGATAGCGAGCGACGACGATGAGGTGGAGCAGCTGCTGCGAGCAGCGCAGGATGACGTGCTTCTCAAACTCAGCGTCGATTCCCACACGGCGCGCGGCTCCGGCGCCGCCGCCATCGACCCAGATCTCGACCGCCGTTTCCTGGCCCTAAAGAAACCCCAGAAGCTCTCGAAACACGACGATTCTGTGAAGAATCCCCCAAAAGAAGCTCGCAAAGCGGCGGATGACGACCTGCTCATCAGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775201.1
MNNLGKIASDDDEVEQLLRAAQDDVLLKLSVDSHTARGSGAAAIDPDLDRRFLALKKPQKLSKHDDSVKNPPKEARKAADDDLLIRFAALKSSLPSNSSNFTKEEEAAEEDEEDEVEKVIRWATDAARLDPSPPSDDDDDDDDVGVSRGKKSKRK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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