Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003422`

染色体: Chr07 坐标: 37388165-37388755 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003422`
名称	SmilChr07G003422
描述	uncharacterized SmilChr07G003422
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	37388165 - 37388755 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994187`
GeneID	`130994187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994187`
原始查询	`SmilChr07G003422`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0205337; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os06g0205337` - identity=25.3; qcov=0.888; evalue=7.15e-09; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057775203.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057775203.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057775203.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775203.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775203.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:37388221`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A5,B106,B2,B60,B71,B8,C58,C62,C78
`Chr7:37388278`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr7:37388324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:37388349`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,C55
`Chr7:37388420`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A3,A9,B35,B85,C17,C4
`Chr7:37388421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	A15,B13,B38,B39,B4,B46,B49,B5,B51,B52,B63,B79,C25,C28,C36,C49,C55,C64,C66,D7
`Chr7:37388434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr7:37388492`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B114,B120,B18,B48,C24
`Chr7:37388492`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B114,B120,B18,B48,C24
`Chr7:37388518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	20	A15,B13,B38,B39,B4,B46,B49,B5,B51,B52,B63,B79,C25,C28,C36,C49,C55,C64,C66,D7
`Chr7:37388528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26
`Chr7:37388574`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919220.1
ATGGACAAGAGGAGTGATAAGGTGAAGAACTTTGGTGTTGGACGTTTCCATTTTGAGGATAAGTGGTTTTTGGATAAATCTTTTGTCCCTGATTTCCTTTGCGAGCGGACAGCTCTCTCTCATGTTGGCGACTTGCCAACACGTATGGCACACTGTGAAGATTGCCTAAAAAAGTGGGCCGGAAAGAAGTTTAATGGATTGGGAAAGAAGATAGCAGTTCTTAGAAAGGAGAGGATGCAGATGATGCGACAAATGAGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994187
ATGGACAAGAGGAGTGATAAGGTGAAGAACTTTGGTGTTGGACGTTTCCATTTTGAGGATAAGTGGTTTTTGGATAAATCTTTTGTCCCTGATTTCCTTTGCGAGCGGACAGCTCTCTCTCATGTTGGCGACTTGCCAACACGTATGGCACACTGTGAAGATTGCCTAAAAAAGTGGGCCGGAAAGAAGTTTAATGGATTGGGAAAGAAGATAGCAGTTCTTAGAAAGGAGAGGATGCAGATGATGCGACAAATGAGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775203.1
MDKRSDKVKNFGVGRFHFEDKWFLDKSFVPDFLCERTALSHVGDLPTRMAHCEDCLKKWAGKKFNGLGKKIAVLRKERMQMMRQMSEKGTEADFVEISKQIEHAVEAEASHWKQRARVNWLVNGDRNTGAFHSQASRRRKKDTIKKLKDRQEERKEEEQEKAGIIKEYFEELFASSRPTDAGGHFGGDQLSGGEDQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器