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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003431

染色体: Chr07 坐标: 37684570-37688876 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003431
名称SmilChr07G003431
描述aldehyde dehydrogenase family 3 member H1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37684570 - 37688876 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992868
GeneID130992868
locus_tag-
NCBI NameLOC130992868
原始查询SmilChr07G003431

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aldehyde dehydrogenase family 3 member H1-like
产物aldehyde dehydrogenase family 3 member H1-like
ArabidopsisAT1G44170 (ALDH3H1)
aldehyde dehydrogenase 3H1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841020]
identity=71.3; qcov=1; evalue=8.66e-104; confidence=high
RiceOs12g0178000
-
identity=68.2; qcov=1; evalue=8.47e-101; confidence=high
GOGO:0004029 (aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006081 (aldehyde metabolic process)
KEGG-
PfamPF00171 (Aldedh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057773604.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057773604.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057773606.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773604.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773604.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37684753 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B15,B64,B99,C17,C3,C84
Chr7:37684791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B33,C5
Chr7:37684798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr7:37684804 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B108,B61,B77,B8,B80
Chr7:37684804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B61,B77,B8,B80
Chr7:37685106 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B136,C84
Chr7:37685106 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B136,C84
Chr7:37686479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773604.1
219 aa
N
1
110
219
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 5-192 aa
XP_057773605.1
219 aa
N
1
110
219
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 5-192 aa
XP_057773606.1
192 aa
N
1
96
192
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 5-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773604.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 5 192 8.1e-36 124.3 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057773605.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 5 192 8.1e-36 124.3 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057773606.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 5 192 9.5e-36 124.0 Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917622.1
AACATTCAAAACCCTAAGTTCCTAATGATCTCTCTCCAACTCTCCCTCTCTCGTTCTCTGCCTCCCATCAAAACCTCCACCCACCCCGCCCTCCTTCTCTTCTCCGGCGTCGTTGGCCGCGGTGCCTGGATCCAGCGAAGCCGTGCCTCTATTTCTCCTCATATCTCAACAGATTTTCACCTCTCTCCTTCTCATCCCTCAATTCCTCAGTTCGTGCCCTAGATCTTCTTCCAAAATGTTGTCACCTCAAGGATCTCCGC...
XM_057917621.1
AACATTCAAAACCCTAAGTTCCTAATGATCTCTCTCCAACTCTCCCTCTCTCGTTCTCTGCCTCCCATCAAAACCTCCACCCACCCCGCCCTCCTTCTCTTCTCCGGCGTCGTTGGCCGCGGTGCCTGGATCCAGCGAAGCCGTGCCTCTATTTCTCCTCATATCTCAACAGATTTTCACCTCTCTCCTTCTCATCCCTCAATTCCTCAGTTCGTGCCCTAGATCTTCTTCCAAAATGTTGTCACCTCAAGGATCTCCGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992868
ATGGATGTCTCAGCTGTGAAAGTTATAGAAGGTGGTATTCACGAAACAAGTGCATTACTGGAACAAAAATGGGACAAAATATTTTACACAGGGAATAGCAAGGTTGGACGTGTTATATTAGCTGCTGCTGCTAAGCATCTTACACCTGTGATTTTGGAGCTTGGTGGGAAATGTCCAGTAATCGTTGATTCAAACATCAACTTAACAGTTGCGGCAAGAAGAATAATCTCAGGCAAGTGGGGATGCAACAGTGGACAAAC...
LOC130992868
ATGGATGTCTCAGCTGTGAAAGTTATAGAAGGTGGTATTCACGAAACAAGTGCATTACTGGAACAAAAATGGGACAAAATATTTTACACAGGGAATAGCAAGGTTGGACGTGTTATATTAGCTGCTGCTGCTAAGCATCTTACACCTGTGATTTTGGAGCTTGGTGGGAAATGTCCAGTAATCGTTGATTCAAACATCAACTTAACAGTTGCGGCAAGAAGAATAATCTCAGGCAAGTGGGGATGCAACAGTGGACAAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773604.1
MDVSAVKVIEGGIHETSALLEQKWDKIFYTGNSKVGRVILAAAAKHLTPVILELGGKCPVIVDSNINLTVAARRIISGKWGCNSGQTCVSPDYIITTKDYASKFVDALSSELEKFYGKDPVNSKDLSKIINSRHFERLTKLLDEEKVSSKIVIGGQRDKANLKITPTVILDAPQDSLILNEEIFGPLLPIITLYISQPQPDSASGGTLHSAVASRLTFI
XP_057773605.1
MDVSAVKVIEGGIHETSALLEQKWDKIFYTGNSKVGRVILAAAAKHLTPVILELGGKCPVIVDSNINLTVAARRIISGKWGCNSGQTCVSPDYIITTKDYASKFVDALSSELEKFYGKDPVNSKDLSKIINSRHFERLTKLLDEEKVSSKIVIGGQRDKANLKITPTVILDAPQDSLILNEEIFGPLLPIITLYISQPQPDSASGGTLHSAVASRLTFI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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