Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003432

染色体: Chr07 坐标: 37730784-37732882 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003432
名称SmilChr07G003432
描述uncharacterized SmilChr07G003432
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向37730784 - 37732882 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992869
GeneID130992869
locus_tag-
NCBI NameLOC130992869
原始查询SmilChr07G003432

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992869

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057773607.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057773607.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773607.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773607.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773607.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:37732077 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 42 A16,A18,A20,B104,B112,B114,B117,B132,B138,B2,B22,B32,B41,B46,B53,B6,B61,B69,B70,B73,B88,B91,C1,C15,C24,C27,C29,C30,C38,C45,C48,C49,C5,C53,C54,C64,C66,C68,C74,C78,C85,D11
Chr7:37732085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A21,B101,B128
Chr7:37732099 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 14 B102,B103,B22,B33,B41,B48,B50,B57,B59,B78,C16,C25,C58,C83
Chr7:37732100 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 140 A1,A10,A11,A14,A19,A21,A23,A24,A4,A5,A6,A7,A9,B100,B102,B105,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B131,B134,B137,B138,B140,B15,B16,B19,B20,B24,B26,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B37,B40,B41,B44,B46,B5,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B61,B64,B66,B67,B68,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B82,B84,B86,B87,B88,B92,B93,B96,B97,C1,C10,C11,C15,C20,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C38,C39,C42,C43,C45,C46,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C57,C58,C6,C61,C63,C64,C65,C68,C69,C70,C72,C76,C77,C79,C8,C85,C86,C87,C9,D11,D3,D6
Chr7:37732134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr7:37732137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C55
Chr7:37732142 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B135,B26
Chr7:37732143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B135,B26
Chr7:37732156 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B99
Chr7:37732193 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B130,C71
Chr7:37732193 GA G 1bp_deletion CDS_variant 2 B130,C71
Chr7:37732713 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091453.1
GGTGATAGAGATGTAGTCTTTCGACTTTTTGCTAAATTTTAGTGTTTGAATTGATTTTGTCAGATTGAATTTCGCACCTGCTGGTTTTGGGTTCCCGACGACCAACCAAACACGGCATTGTTTCACTCGCTACATTGAGTTCCACAGGTATGAGTCTTAGAATCAATATCCTTCACTAATTCCTTGGAAGGAGTCATAGTGATACATTAGAAAGGTAAACTATGATCCATATACACTGGCTTCGACTTTGGATAGTAGAA...
XM_057917624.1
GGTGATAGAGATGTAGTCTTTCGACTTTTTGCTAAATTTTAGTGTTTGAATTGATTTTGTCAGATTGAATTTCGCACCTGCTGGTTTTGGGTTCCCGACGACCAACCAAACACGGCATTGTTTCACTCGCTACATTGAGTTCCACAGGTATGAGTCTTAGAATCAATATCCTTCACTAATTCCTTGGAAGGAGTCATAGTGATACATTAGAAAGGTAAACTATGATCCATATACACTGGCTTCGACTTTGGATAGTAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992869
ATGGGAATAAACCCATCGCCTATGTTTGAGTGTCAAAAAAGGTGGTTAGAATTATTATTGGGTTTACGTGCAGATCCTATCAAGTATTGCACTTGCAAAATTCAAGATTATAAGGCACCTCATTGTGAACAGGATGAGGATGTAAACTTTGATGACGTTGATGCTGAATGTATTCAGCAACAATCAGATATTCATAATAGTATTGTCATGAAGCTGGTTAAGAAAGTTGCCCATAGAGGATCTACAGCTCCAGATAGTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773607.1
MGINPSPMFECQKRWLELLLGLRADPIKYCTCKIQDYKAPHCEQDEDVNFDDVDAECIQQQSDIHNSIVMKLVKKVAHRGSTAPDSIAKRFDQKSYTYVSM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器