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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003440

染色体: Chr07 坐标: 38138364-38140132 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003440
名称SmilChr07G003440
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向38138364 - 38140132 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992894
GeneID130992894
locus_tag-
NCBI NameLOC130992894
原始查询SmilChr07G003440

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 30-like
ArabidopsisAT2G18196 (AT2G18196)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816334]
identity=78.4; qcov=1; evalue=1.45e-73; confidence=high
RiceOs03g0120400
-
identity=72.8; qcov=1; evalue=8.61e-62; confidence=high
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00403 (HMA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057773640.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057773640.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057773638.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057773639.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773639.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:38138600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773638.1
181 aa
N
1
90
181
HMA
C
PF00403 HMA 54-108 aa
XP_057773639.1
176 aa
N
1
88
176
HMA
C
PF00403 HMA 54-103 aa
XP_057773640.1
125 aa
N
1
62
125
HMA
C
PF00403 HMA 1-52 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773638.1 Pfam PF00403 HMA Domain 54 108 3.5e-13 50.4 Heavy-metal-associated domain
XP_057773639.1 Pfam PF00403 HMA Domain 54 103 2.3e-06 28.6 Heavy-metal-associated domain
XP_057773640.1 Pfam PF00403 HMA Domain 1 52 8.5e-13 49.2 Heavy-metal-associated domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917655.1
AAACAGACAACATCGTGTGGAATATATGACAAGGAAGAAACTCAAGAAAGCAAGAGATGCCTTTTTGAGGAATATTTTTGGATAATTACTCTCCTAATCCTTCCTTCATCAACTTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTATATTCTCTTCTTCATCAAAATGGCTAAGTTCGTAAAGAGGCTATTTGGCTCTTTTGTGTCTACCTTTGCATATTGCTTCGTTAACTATCAAGATCATCACACTCCAAATACCT...
XM_057917656.1
AAACTCAAGAAAGCAAGAGATGCCTTTTTGAGGAATATTTTTGGATAATTACTCTCCTAATCCTTCCTTCATCAACTTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTATATTCTCTTCTTCATCAAAATGGCTAAGTTCGTAAAGAGGCTATTTGGCTCTTTTGTGTCTACCTTTGCATATTGCTTCGTTAACTATCAAGATCATCACACTCCAAATACCTCCAAAACCACTCATTTCCGCGCCATGCCTAAGGCTCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992894
ATGGCTAAGTTCGTAAAGAGGCTATTTGGCTCTTTTGTGTCTACCTTTGCATATTGCTTCGTTAACTATCAAGATCATCACACTCCAAATACCTCCAAAACCACTCATTTCCGCGCCATGCCTAAGGCTCGCCCTCTCTCTCTTCAGACAGTGGAGCTCAAAGTAAGGATGTGTTGCAGTGGGTGCGAGAGAGTGGTGAAAGAGGCCATTCACAAACTGAGAGAGGTGGAGTTGGAGATGGAGAAGGTGACGGTGACGGG...
LOC130992894
ATGGCTAAGTTCGTAAAGAGGCTATTTGGCTCTTTTGTGTCTACCTTTGCATATTGCTTCGTTAACTATCAAGATCATCACACTCCAAATACCTCCAAAACCACTCATTTCCGCGCCATGCCTAAGGCTCGCCCTCTCTCTCTTCAGACAGTGGAGCTCAAAGTAAGGATGTGTTGCAGTGGGTGCGAGAGAGTGGTGAAAGAGGCCATTCACAAACTGAGAGGGGTGGACTCGGTAGAGGTGGAGTTGGAGATGGAGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773638.1
MAKFVKRLFGSFVSTFAYCFVNYQDHHTPNTSKTTHFRAMPKARPLSLQTVELKVRMCCSGCERVVKEAIHKLRGVDSVEVELEMEKVTVTGYVDRNKVLKAVRRAGKRAEFWPYPNPPLYFTTANHYFKDTTTEYKESYNYWRHGYNMPDRHGQLPVTHRGDDKVSNFFNDDNVNACHIM
XP_057773639.1
MAKFVKRLFGSFVSTFAYCFVNYQDHHTPNTSKTTHFRAMPKARPLSLQTVELKVRMCCSGCERVVKEAIHKLREVELEMEKVTVTGYVDRNKVLKAVRRAGKRAEFWPYPNPPLYFTTANHYFKDTTTEYKESYNYWRHGYNMPDRHGQLPVTHRGDDKVSNFFNDDNVNACHIM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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