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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003441

染色体: Chr07 坐标: 38142847-38149325 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003441
名称SmilChr07G003441
描述protein NTM1-like 9
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向38142847 - 38149325 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992876
GeneID130992876
locus_tag-
NCBI NameLOC130992876
原始查询SmilChr07G003441

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NTM1-like 9
产物protein NTM1-like 9
ArabidopsisAT4G35580 (NTL9)
NAC transcription factor-like 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829710]
identity=43.6; qcov=0.989; evalue=8.44e-119; confidence=medium
RiceOs08g0157900 (ONAC037)
-
identity=35.8; qcov=0.886; evalue=2.54e-74; confidence=medium
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773618.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773618.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773618.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773618.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773618.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:38143309 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,D9
Chr7:38143845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:38145222 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,C27,D10,D6
Chr7:38147896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B120,B18,B48,C24
Chr7:38147959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr7:38148033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr7:38148166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B101,B132,B91,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773618.1
554 aa
N
1
277
554
NAM
C
PF02365 NAM 7-141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773618.1 Pfam PF02365 NAM Family 7 141 3.5e-47 160.6 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917635.1
GACAAAACAAATGATAATTTTATATGGAGGTGTCCAAAATCACGAGTCTTTTAATTGTTTCCGTCTTGTTTGTATATCCATTTGTAAAAGTGAGGTATTGGGTATGGGAGTGACGAGTGTTACAGTGATCGAGGTCATTGAAGCAATTGATCGATCATAGAGGATAACTTTGATATATCAGCCGATTTTCGACGCCCTCTGATTGGCTACTGCTCTTCACCTTTTTCTAGTTGGCCACCACGTGAACCAAAAAGCTCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992876
ATGAAATTGGAGGCTTTGCCCAAGGGGTTCCGCTTCCGCCCCACCGACGAGGAGCTCGTGAGCCATTATTTGAGGCTGAAGATCAACGGCCATCATTCCGCCGTTGAGGTCATCCCTGAGATCGACGTCTGTAAATGGGAGCCGTGGGATCTCCCTGCACTCTCCGTTATAAAATGCGATGACCCAGAATGGTTTTTCTTTTGCCCACGTGATAAGAAATACCCAAATGGGTATCGTTCTAATAGGGCCACAGAAGCTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773618.1
MKLEALPKGFRFRPTDEELVSHYLRLKINGHHSAVEVIPEIDVCKWEPWDLPALSVIKCDDPEWFFFCPRDKKYPNGYRSNRATEAGYWKATGKDRTIKSRKSSPSGHSHSHVIGLKKTLVFYRGRAPKGERTNWIMHEYRATEPDLDGTGPGQGDYVLCRLFHKADERLDNLKCDGVEHTVSVPSTDKSSPDDVSSDVFREPAMLDMLMVKEPGEVKKWFTDPADCLTPTNLAPVESCASDCIDHSGEEAAMEVSLPLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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