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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003447

染色体: Chr07 坐标: 38363337-38364809 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003447
名称SmilChr07G003447
描述probable receptor-like protein kinase At4g10390
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向38363337 - 38364809 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992885
GeneID130992885
locus_tag-
NCBI NameLOC130992885
原始查询SmilChr07G003447

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable receptor-like protein kinase At4g10390
产物probable receptor-like protein kinase At4g10390
ArabidopsisAT4G10390 (AT4G10390)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826631]
identity=47.9; qcov=0.981; evalue=1.52e-94; confidence=high
RiceOs04g0540900 (STRK1)
-
identity=47.4; qcov=0.971; evalue=1.75e-90; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992885

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057773627.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057773627.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057773627.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773627.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773627.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:38363931 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr7:38363983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D3
Chr7:38364119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:38364208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B129
Chr7:38364220 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr7:38364365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773627.1
311 aa
N
1
156
311
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 42-293 aa PF00069 Pkinase 44-293 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773627.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 42 293 1.1e-35 124.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057773627.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 44 293 2.5e-39 136.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917644.1
TAATTTATATAATAAATTGACATAAGTAGTATATAAAACAAATTGACATAATAAGAAAAGCAAAAATGGTATGAGTGTACGTACATAACCCCAGATCCCCCCTCCCCCTTGAATCAATAAAGTACACATATACAAAAAAATGAAGAGTTGCAGCCACCAAACCCACACGAGGAGCCGTTCTAGTTGTGTAGATTGTGGGGACACACTTCCATGCATGGGGACCTCTTCTCCCATGCCGGTGCTCTCCATTATTCTCTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992885
ATGGGGCTCGTCAAATTCCTCAAACGCAAACTCACCAGATGTCAAACACCCCTCGCCGTCGCCGTCGATCATCCCCAAAACCACCGCTTCTCCTGGGAGGATATACAGAGTCTGACGGCGGATTTCGCCACCGTCATCGGCTACGGCGGGTTCAGCACGGTCTACCTGGCCCAATTCCGGCAGTCCGCCGCCGCCGTGAAAGTGTGCTGCAGCAGCCAGCGCGTGTACGAGGCGTTCAAGCAGGAGCTCCAGATTCTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773627.1
MGLVKFLKRKLTRCQTPLAVAVDHPQNHRFSWEDIQSLTADFATVIGYGGFSTVYLAQFRQSAAAVKVCCSSQRVYEAFKQELQILLHIRHPNIVKLLGYTEDHGALIMEYVPNGTLHHKLHASHAPLTWDQRAAVAFQLATAIAFLHDTCAPHIVHADIKPANVLLDHDLNCKLCDFGSARVGFSSAVAPTIITGSPGYTDPLYLRTGLVSKKNDVYSFGVVLLELITGIEAFCPSTGERLAGRARDAAEMVDPRLRLG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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