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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003461

染色体: Chr07 坐标: 38644005-38646946 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003461
名称SmilChr07G003461
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g50270
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向38644005 - 38646946 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992875
GeneID130992875
locus_tag-
NCBI NameLOC130992875
原始查询SmilChr07G003461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g50270
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g50270
ArabidopsisAT1G50270 (AT1G50270)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841449]
identity=43.9; qcov=0.932; evalue=8.9e-166; confidence=medium
RiceOs10g0400250
-
identity=37; qcov=0.984; evalue=2.38e-118; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057773617.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773617.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773617.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773617.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773617.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:38644241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr7:38644384 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B45,C9
Chr7:38644384 CT C 1bp_deletion CDS_variant 2 B45,C9
Chr7:38644676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B39
Chr7:38644926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr7:38645104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr7:38645316 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48
Chr7:38645316 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C48
Chr7:38645318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr7:38645356 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C23
Chr7:38645356 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 C23
Chr7:38645531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773617.1
618 aa
N
1
309
618
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF13812 PPR_3 82-125 aa PF01535 PPR 150-174 aa PF01535 PPR 179-209 aa PF01535 PPR 253-278 aa PF13041 PPR_2 279-327 aa PF01535 PPR 281-308 aa PF01535 PPR 354-381 aa PF13041 PPR_2 382-428 aa PF01535 PPR 384-412 aa PF01535 PPR 418-445 aa PF01535 PPR 454-478 aa PF20431 E_motif 499-561 aa PF01535 PPR 523-551 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773617.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 82 125 8.5e-28 97.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 150 174 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 179 209 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 253 278 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 279 327 1.2e-54 182.9 PPR repeat family
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 308 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 354 381 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 382 428 1.2e-54 182.9 PPR repeat family
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 384 412 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 418 445 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 454 478 4.4e-49 162.1 PPR repeat
XP_057773617.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 499 561 3e-14 53.7 E motif
XP_057773617.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 523 551 4.4e-49 162.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917634.1
AGTGAAAGATTTAAAATTTTGACAGACTCAAAGACCCGTACCAATGCAAAGAGTACATCACTGGCTAGATGCTTACAACTCCCAATTTCAAGAATTTGGATCTTGCAGTGCGTTTCTTATCGCAGAAATTCCATCTGAGAGCCAACAATTCTTCGCCGGAACTCTTCAAGTTGCAGCAAATCCACTCACTTCTCATTGTCTCCGGTTTCTCCGACGAGTCTTCATTGGTGTCGACACTACTCCTTCACTGCATATCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992875
ATGCTTACAACTCCCAATTTCAAGAATTTGGATCTTGCAGTGCGTTTCTTATCGCAGAAATTCCATCTGAGAGCCAACAATTCTTCGCCGGAACTCTTCAAGTTGCAGCAAATCCACTCACTTCTCATTGTCTCCGGTTTCTCCGACGAGTCTTCATTGGTGTCGACACTACTCCTTCACTGCATATCCCTCCCTTCCTTTCCCCGCGCCTACGCCCTCTCCATCTTCAACCAGATTCGCCGCCGCAATGTCTACACCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773617.1
MLTTPNFKNLDLAVRFLSQKFHLRANNSSPELFKLQQIHSLLIVSGFSDESSLVSTLLLHCISLPSFPRAYALSIFNQIRRRNVYTYNALIRAFTSDQNTAILIYAKMRREGVFPNKHTFPLLLKSKTHIPFQIFAHSIKFGFGSDHFLCNTLLSVCANGGLIECACKVFDEMPYRDAVVYTALMDGYVRTGGAGKALELFLQMRSSGVEADEVAVVSALSAAGMLGRVWLGRWIHGFYVEPGRVVRDVYVSTAIVNMYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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