当前解析结果
SmilChr07G003475| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003475 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003475 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003475 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 38971633 - 38982211 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130994204 |
|---|---|
| GeneID | 130994204 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130994204 |
| 原始查询 | SmilChr07G003475 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00860- identity=40; qcov=0.139; evalue=3.48e-26; confidence=weak |
| Rice | Os12g0142900- identity=38; qcov=0.607; evalue=3.7e-112; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130994204 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057775221.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057775221.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057775221.1 |
| 4 | Cytoplasmic granule | 细胞质颗粒 | 0.20000 | XP_057775221.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057775221.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:38971712 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B66,C82 |
Chr7:38971728 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,D11 |
Chr7:38971732 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,B66,C82 |
Chr7:38971743 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,C31,C55 |
Chr7:38971753 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:38971756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C55 |
Chr7:38971761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B56 |
Chr7:38971764 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,C31,C55 |
Chr7:38971767 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,B66 |
Chr7:38971773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,C31,C55 |
Chr7:38971779 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:38971794 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,C31,C55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057775221.1PF03732
PEG10_N-capsid 68-148 aa
PF08284
RVP_2 353-481 aa
PF13975
gag-asp_proteas 381-465 aa
PF13650
Asp_protease_2 382-462 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 384-481 aa
PF00078
RVT_1 613-772 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057775221.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 68 | 148 | 2.4e-09 | 38.1 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057775221.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 353 | 481 | 2.7e-32 | 112.1 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057775221.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 381 | 465 | 3.6e-08 | 34.6 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057775221.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 382 | 462 | 6.4e-06 | 27.5 | Aspartyl protease |
XP_057775221.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 384 | 481 | 6.4e-13 | 49.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
XP_057775221.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 613 | 772 | 8e-38 | 131.0 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。