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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003480

染色体: Chr07 坐标: 39081857-39083676 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003480
名称SmilChr07G003480
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向39081857 - 39083676 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992882
GeneID130992882
locus_tag-
NCBI NameLOC130992882
原始查询SmilChr07G003480

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7
产物protein CANDIDATE G-PROTEIN COUPLED RECEPTOR 7
ArabidopsisAT5G42090 (AT5G42090)
Lung seven transmembrane receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834214]
identity=78.3; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0132100 (134P10.3)
-
identity=67.9; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006810 (transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF06814 (GOST_TM); PF21904 (CAND6-7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057773623.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057773623.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057773623.1
4 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057773623.1
5 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057773623.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:39082525 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,B78,C85
Chr7:39082744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,B78
Chr7:39082879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A24,B94,C80
Chr7:39082965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:39083056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr7:39083214 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B108
Chr7:39083214 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773623.1
439 aa
N
1
220
439
CAND6-7_N
GOST_TM
C
PF21904 CAND6-7_N 25-154 aa PF06814 GOST_TM 174-414 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773623.1 Pfam PF21904 CAND6-7_N Domain 25 154 2.7e-35 122.2 CAND6/7, N-terminal domain
XP_057773623.1 Pfam PF06814 GOST_TM Domain 174 414 5.8e-32 112.0 GOST, seven transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917640.1
GAAAATGGAAGACATCAGTAATCCTTACTTAATCCTTATAAATTTCTAGGAAGCTTCGGCAAGGCCGACATGCGCTAAATTCCTTGAGGAAGGGCGATTGAATAAAACCCCAAAGCAAGAAATCTCAAACCATTTCCTTTCCCCCTTTTCTTCACTCCACTCGACCCGAGACCGAGAGAGTGAGATCCGACCCTACCCGACTCTAAAATGTCTCTCCCTCTCCTCCTCCTAATCCTTCTGGCCTCCGCCGCCCTCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992882
ATGTCTCTCCCTCTCCTCCTCCTAATCCTTCTGGCCTCCGCCGCCCTCGCCGCGGCCGAGATCCGGTCCACCGAGACCCGATCCGATGGCCGGCCCTTAATCCTCCTCGACGAGTTCGGCTTCACCCACCGCGGTCAGCTCGAGCTCAACGTGACCCACCTCTCCCTCTCCGGCTCCGGATCCAGCCCTGACCCGTCTGAGCTCTCCAAGGTCGGATTCTTCCTCTGCACCATCGACGCGTGGGCGCACGTGCTTCAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773623.1
MSLPLLLLILLASAALAAAEIRSTETRSDGRPLILLDEFGFTHRGQLELNVTHLSLSGSGSSPDPSELSKVGFFLCTIDAWAHVLQQIEDAQINCVLGSDAIKRVFTFDQLPTPTASAFNFSYAESSADQYTLIFANCLPQLKVSMNVRSAMYNLEGGRSNRRDYLSAGKTILPRVYFLLSLIYFIMAAVWINVLYKKRSTVFGIHFFMLAVVLLKALNLVCEAEDKSYIKRTGSAHGWDVLFYIFSFLKGITLFSLIVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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