Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003486`

染色体: Chr07 坐标: 39359894-39360358 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003486`
名称	SmilChr07G003486
描述	gamma-hordein-3-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	39359894 - 39360358 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994207`
GeneID	`130994207`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994207`
原始查询	`SmilChr07G003486`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	gamma-hordein-3-like
产物	gamma-hordein-3-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994207

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775224.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057775224.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.60000	`XP_057775224.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057775224.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775224.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:39359895`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D8
`Chr7:39359895`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D8
`Chr7:39359898`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B64,D8
`Chr7:39359898`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B64,D8
`Chr7:39359905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr7:39359944`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C50
`Chr7:39359962`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B87
`Chr7:39359977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B126,B33
`Chr7:39359983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	34	A15,A4,A6,B102,B104,B11,B112,B117,B123,B126,B13,B138,B20,B21,B28,B33,B36,B4,B42,B47,B50,B68,B81,B87,B9,B97,C1,C20,C22,C36,C44,C61,C78,D6
`Chr7:39359984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B44,C84,D8
`Chr7:39359990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,A25,B137,B3,B65
`Chr7:39359994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B65,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919241.1
ATGGGCGAGTTCACGCCAGAAGGGCAAGCTGAAGTTCACTCTGCGCAAGGATTTCAGAGCAGACCACAGTATGGGCAGAGCTATAATCAAGGGCAACAAAATTTCAATGGTGGCTGGAGAGGACAGCAGCCTTATGCACCGCAGCAAAATTTTCCCCAACAATATCCCCCGAGGTATCAGCAGCAAGGGAACTTTCAGTGCCATCAACAATTTCAGAATGCTCCACAGCTTCAACATCCGATGCCACCGCAAAAACAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994207
ATGGGCGAGTTCACGCCAGAAGGGCAAGCTGAAGTTCACTCTGCGCAAGGATTTCAGAGCAGACCACAGTATGGGCAGAGCTATAATCAAGGGCAACAAAATTTCAATGGTGGCTGGAGAGGACAGCAGCCTTATGCACCGCAGCAAAATTTTCCCCAACAATATCCCCCGAGGTATCAGCAGCAAGGGAACTTTCAGTGCCATCAACAATTTCAGAATGCTCCACAGCTTCAACATCCGATGCCACCGCAAAAACAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775224.1
MGEFTPEGQAEVHSAQGFQSRPQYGQSYNQGQQNFNGGWRGQQPYAPQQNFPQQYPPRYQQQGNFQCHQQFQNAPQLQHPMPPQKQSLEVTMQALMEVSKQNMESQAATIKRLETTMGQLSGTLNQLHQQQSGKTNQALAITRMSEQTRRPAQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器