Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003502`

染色体: Chr07 坐标: 39889359-39889835 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003502`
名称	SmilChr07G003502
描述	uncharacterized SmilChr07G003502
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	39889359 - 39889835 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994210`
GeneID	`130994210`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994210`
原始查询	`SmilChr07G003502`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775228.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057775228.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775228.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775228.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775228.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:39889366`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C82
`Chr7:39889374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr7:39889385`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B49,B53,B66,D5
`Chr7:39889491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A25,B130,B59,C15
`Chr7:39889491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B130,B59,C15
`Chr7:39889503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B130,B59,C15
`Chr7:39889528`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr7:39889532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B31,C36
`Chr7:39889568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B89
`Chr7:39889583`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B130,B59,C29
`Chr7:39889602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B131,C21,C74
`Chr7:39889602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,C21,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775228.1

158 aa

158

DUF8803

PF31073 DUF8803 88-139 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775228.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	88	139	1.4e-07	32.0	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919245.1
ATGTCACCTTATCGTCTAATCTTTGGGAAGATGTGCCACATGCCGGTTGAGTTAGAGCATCGCGCATATTGGGCCGTGAAAGAAGTGAATAAGCAGTTGCCTAAGTGTGAGGAGGAAAGGAAGTTTCAACTTCAAGAATTGGAGGAAATTCGTCTTGAAGCATATGATGCAGCCATGTGGTATAAAGAGTGCACTAAGATGTGGCATGACAAGAATCTGCGAGGGAAATCCTTGAAGGTCGGGCAAAAGGTACTCTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994210
ATGTCACCTTATCGTCTAATCTTTGGGAAGATGTGCCACATGCCGGTTGAGTTAGAGCATCGCGCATATTGGGCCGTGAAAGAAGTGAATAAGCAGTTGCCTAAGTGTGAGGAGGAAAGGAAGTTTCAACTTCAAGAATTGGAGGAAATTCGTCTTGAAGCATATGATGCAGCCATGTGGTATAAAGAGTGCACTAAGATGTGGCATGACAAGAATCTGCGAGGGAAATCCTTGAAGGTCGGGCAAAAGGTACTCTTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775228.1
MSPYRLIFGKMCHMPVELEHRAYWAVKEVNKQLPKCEEERKFQLQELEEIRLEAYDAAMWYKECTKMWHDKNLRGKSLKVGQKVLLFQSKLRLMPGKLKTKWVSPFVIQSVCPNGAFEIRSLDTAKTFTVNGQHLKPFYDASSLVPAESVSLLIPGTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器