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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003510

染色体: Chr07 坐标: 40014531-40016286 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003510
名称SmilChr07G003510
描述uncharacterized SmilChr07G003510
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向40014531 - 40016286 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994216
GeneID130994216
locus_tag-
NCBI NameLOC130994216
原始查询SmilChr07G003510

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057775234.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057775234.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057775234.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775234.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057775234.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:40014537 ATG A 2bp_deletion frameshift_variant 10 B140,B23,B35,C10,C14,C18,C3,C63,C70,D8
Chr7:40014540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C14,C63,D8
Chr7:40014541 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 7 A7,B112,B118,B119,B18,B24,B62
Chr7:40014642 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 45 A15,A21,A23,A7,B104,B105,B107,B108,B109,B112,B114,B118,B119,B120,B125,B136,B137,B16,B17,B18,B20,B24,B25,B34,B52,B56,B58,B62,B69,B75,B85,B86,B93,C21,C24,C27,C30,C33,C54,C55,C6,C7,C71,C86,C87
Chr7:40014643 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 97 A1,A14,A15,A19,A25,A4,A5,A6,A8,B1,B101,B105,B109,B111,B113,B123,B128,B129,B13,B131,B135,B136,B138,B140,B15,B19,B24,B29,B3,B31,B32,B33,B38,B39,B4,B44,B45,B46,B47,B49,B51,B52,B53,B54,B55,B59,B6,B62,B63,B68,B7,B70,B72,B76,B79,B81,B84,B87,B88,B9,B91,B98,B99,C12,C13,C15,C19,C22,C25,C26,C28,C29,C31,C36,C40,C42,C45,C47,C49,C53,C55,C58,C64,C65,C66,C71,C74,C77,C8,C80,C84,C85,D11,D4,D5,D6,D7
Chr7:40014686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:40014697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B61,C5,C71
Chr7:40014729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C57
Chr7:40014737 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 70 A15,A21,A23,A25,A3,A7,A8,B1,B104,B105,B107,B108,B109,B11,B114,B118,B119,B124,B125,B131,B136,B137,B14,B15,B16,B17,B18,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B3,B32,B34,B37,B52,B56,B58,B62,B73,B85,B86,B94,B95,B96,C10,C13,C14,C15,C21,C24,C25,C26,C27,C3,C30,C43,C50,C54,C55,C6,C60,C7,C71,C77,C86,C87
Chr7:40014742 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B13,B61,C5,C71
Chr7:40014742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B61,C5,C71
Chr7:40014766 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 101 A1,A14,A15,A18,A19,A25,A4,A5,A6,A8,B1,B101,B105,B109,B111,B113,B115,B123,B128,B129,B13,B131,B135,B136,B138,B14,B140,B15,B19,B24,B29,B3,B31,B32,B33,B38,B39,B4,B44,B45,B46,B47,B49,B51,B52,B53,B54,B55,B59,B6,B62,B63,B68,B7,B70,B72,B76,B79,B81,B84,B87,B88,B9,B91,B98,B99,C12,C13,C15,C19,C22,C25,C26,C28,C29,C31,C36,C40,C42,C45,C46,C47,C49,C53,C55,C58,C61,C64,C66,C71,C74,C77,C8,C80,C84,C85,D11,D4,D5,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919251.1
ATGGGGGAGCCCATATTTGAGGATGAGACACAAGTTAATGCCTTGCAAGGTTTTCAACCTTATGCTAAACCAGACCCATTTGCTCCAACTTACAATTCGGGGTGGAGGTCACCCAAACTTTTCTTGGAGACAAAATCAAGGTCAAGGTCCGAGTCAGAATGCCCAGAATTTTCAGCAGCCGCAACTATCAATCCAGCCACAATATTAGCAACAGCAACCGGGATTCTATCGCCAGCCTCAAGCACTCAAAGATTTGAGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994216
ATGGGGGAGCCCATATTTGAGGATGAGACACAAGTTAATGCCTTGCAAGGTTTTCAACCTTATGCTAAACCAGACCCATTTGCTCCAACTTACAATTCGGGGTGGAGGTCACCCAAACTTTTCTTGGAGACAAAATCAAGGTCAAGGTCCGAGTCAGAATGCCCAGAATTTTCAGCAGCCGCAACTATCAATCCAGCCACAATATTAGCAACAGCAACCGGGATTCTATCGCCAGCCTCAAGCACTCAAAGATTTGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775234.1
MGEPIFEDETQVNALQGFQPYAKPDPFAPTYNSGWRSPKLFLETKSRSRSESECPEFSAAATINPATILATATGILSPASSTQRFESVEASMKRIETQVGQLVGTVGELVKQNTKDKLPSNSEKAHAISILRSSKVVDNKVEYPHADESSSQEAELRKSGEKNDDAKKKEKKKDNGLHKAANHYKPLIPFPSRLRNAKQDQQFNDFYKLLSKVNVNLPLLDGIRNVPHQLPPKQRDLGSFVIKIALGNGKEASVDRSVRY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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