当前解析结果
SmilChr07G003515| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003515 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003515 |
| 描述 | embryogenesis-associated protein EMB8 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 40167343 - 40172566 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992936 |
|---|---|
| GeneID | 130992936 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992936 |
| 原始查询 | SmilChr07G003515 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | embryogenesis-associated protein EMB8 |
| 产物 | embryogenesis-associated protein EMB8 |
| Arabidopsis | AT3G50790 (AT3G50790)esterase/lipase/thioesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824243] identity=66.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0432600- identity=34.9; qcov=0.857; evalue=1.88e-63; confidence=low |
| GO | GO:0034338 (short-chain carboxylesterase activity); GO:0044255 (GO:0044255); GO:0047372 (monoacylglycerol lipase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00561 (Abhydrolase_1); PF12697 (Abhydrolase_6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992936 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057773649.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.80000 | XP_057773649.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773649.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773649.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773649.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:40167713 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B11,B114,B17,B73,C30 |
Chr7:40167770 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C25 |
Chr7:40168951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr7:40169108 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B132 |
Chr7:40171004 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B68,C82 |
Chr7:40171037 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:40171409 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr7:40171447 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:40172351 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773649.1PF00561
Abhydrolase_1 134-372 aa
PF12697
Abhydrolase_6 136-375 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773649.1 |
Pfam | PF00561 |
Abhydrolase_1 | Domain | 134 | 372 | 2.9e-17 | 63.9 | alpha/beta hydrolase fold |
XP_057773649.1 |
Pfam | PF12697 |
Abhydrolase_6 | Domain | 136 | 375 | 7e-11 | 43.9 | Alpha/beta hydrolase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。