Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003522`

染色体: Chr07 坐标: 40377613-40378152 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003522`
名称	SmilChr07G003522
描述	uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	40377613 - 40378152 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994219`
GeneID	`130994219`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994219`
原始查询	`SmilChr07G003522`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894]; symbol=AT1G30140; hit=AT1G30140; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894]; symbol=AT1G30140; hit=AT1G30140; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G30140` (AT1G30140) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894] identity=35.3; qcov=0.881; evalue=1.32e-18; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057775238.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775238.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775238.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057775238.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057775238.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:40377673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,C25,C38,C50
`Chr7:40377681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A14,B59,C56,D9
`Chr7:40377681`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B59,C56,D9
`Chr7:40377787`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9
`Chr7:40377954`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:40377975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:40377977`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,B8
`Chr7:40378119`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919255.1
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGCTATGACAACAATGCTAAAAAGTTCACGGCCCCAGATGAAGTATGGGATGCGTACTGTCAGGCTCACCCAAAAGATGCATACTTGCGCCATGGGAATTGTCCGGATTATGAAGATTTGGAAATTGCTGTTAGAAACGGTGTGGCTGTAGGGAAGAACTCAATTGGATTGGGTAGTGCTACTGATGCTAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCACACATAGAGGAGTTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994219
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGCTATGACAACAATGCTAAAAAGTTCACGGCCCCAGATGAAGTATGGGATGCGTACTGTCAGGCTCACCCAAAAGATGCATACTTGCGCCATGGGAATTGTCCGGATTATGAAGATTTGGAAATTGCTGTTAGAAACGGTGTGGCTGTAGGGAAGAACTCAATTGGATTGGGTAGTGCTACTGATGCTAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCACACATAGAGGAGTTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775238.1
MKFNSGFGYDNNAKKFTAPDEVWDAYCQAHPKDAYLRHGNCPDYEDLEIAVRNGVAVGKNSIGLGSATDARTLGVDENRAPHIEELNFDVENEAFVGLTQDDPPSSGSKSPSAFPEVSVDSTQRRAPAKRSRGQFEINSGHTENSSYQGVT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器