Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003526`

染色体: Chr07 坐标: 40444160-40446786 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003526`
名称	SmilChr07G003526
描述	uncharacterized SmilChr07G003526
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	40444160 - 40446786 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994220`
GeneID	`130994220`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994220`
原始查询	`SmilChr07G003526`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=28.6; qcov=0.452; evalue=2.79e-26; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994220

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775239.1`
2	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.60000	`XP_057775239.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057775239.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057775239.1`
5	P-body	P-body	0.20000	`XP_057775239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:40445335`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B83
`Chr7:40445704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B106
`Chr7:40445813`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr7:40445826`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B60
`Chr7:40445826`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B60
`Chr7:40446298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B122,C10
`Chr7:40446360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B52,B86
`Chr7:40446364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:40446372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:40446609`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B45,C24,C63
`Chr7:40446671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919256.1
TGAGAGATAAATGAACAGTAGGGAAATTGGTGAATCGGCGAGTTGACCGTCTCTCTCGCCCGATATGTCTTCCTCACGAGCTCCACCGCGAGCTGCTCCGACAAGGCCGCCGACGTCGCTCAACGCCGTTGCTTTCGTCGAATCGGAGCGTTGACCGCGATCTCTCTCTCTCGCCCGATCTTCTTCCTCGCGAGCTCCACCGCGAGCTGCTCCAGCAAGGCCGCCGGCGTCGTTCATGTTTGGAGGGCCGGAGCCGCGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994220
ATGATTAAAAAGGAGCTTCAGAACATGTGGAATATCAGTTCGCCTTGGCAACTCATTCCTTTGGGTAAAGGATACTATACCATAGTCTTCCAGAACGCAGAGGATAAACAACGAGCTAAAGCCAAGTTGATTTGGGAAGTTTTTAATGGACATCTCCGCCTTCGCGAGTGGGCGAAGAACTTTGATCCGTTTAAAGAACTCTCGTCATTGGCAAACGTTTGGATTCGTATACATTATTTGCCTATCGAATATTGGCATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775239.1
MIKKELQNMWNISSPWQLIPLGKGYYTIVFQNAEDKQRAKAKLIWEVFNGHLRLREWAKNFDPFKELSSLANVWIRIHYLPIEYWHAEVLAGIARFVGHPLKIDGASITRDFGQFARVLVELDMSKSLPTTLLFDGGDYSFHVEFTYEYLPYYCSKCKITGHSPDKCRKANLPMEATMKPSGKQQAIAKQWQEVSEPGISGGESIPVGLQSEQVRASPAHGNNLIRQEVVEEQHAVQQKVSSCAATLIENSFAALESSEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器