当前解析结果
SmilChr07G003530| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003530 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003530 |
| 描述 | early nodulin-like protein 8 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 40575690 - 40576590 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992948 |
|---|---|
| GeneID | 130992948 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992948 |
| 原始查询 | SmilChr07G003530 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | early nodulin-like protein 8 |
| 产物 | early nodulin-like protein 8 |
| Arabidopsis | AT1G64640 (ENODL8)early nodulin-like protein 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842772] identity=52.3; qcov=0.803; evalue=2.84e-46; confidence=medium |
| Rice | Os03g0115000 (OsENODL10)- identity=50.9; qcov=0.585; evalue=8.22e-37; confidence=medium |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009055 (electron transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02298 (Cu_bind_like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992948 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057773657.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773657.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773657.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773657.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057773657.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:40576255 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | A1 |
Chr7:40576255 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | A1 |
Chr7:40576275 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A1,B106,B117,B130,B139,B3,B37,B4,B41,B52,B57,B75,B78,B86,C20,C39,C5,C51,C52,C75,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773657.1PF02298
Cu_bind_like 43-122 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773657.1 |
Pfam | PF02298 |
Cu_bind_like | Domain | 43 | 122 | 1.1e-16 | 61.3 | Plastocyanin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。