当前解析结果
SmilChr07G003546| 统一新 Gene ID | SmilChr07G003546 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G003546 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G003546 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 41116289 - 41121110 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992962 |
|---|---|
| GeneID | 130992962 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992962 |
| 原始查询 | SmilChr07G003546 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205]; symbol=AT5G42000; hit=AT5G42000; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205]; symbol=AT5G42000; hit=AT5G42000; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G42000 (AT5G42000)ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205] identity=87; qcov=0.981; evalue=8.51e-103; confidence=high |
| Rice | Os07g0452500 (OSJNBb0062P14.116-1)- identity=80.4; qcov=0.975; evalue=4.61e-93; confidence=high |
| GO | GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006672 (ceramide metabolic process); GO:0035339 (GO:0035339); GO:0090156 (intracellular sphingolipid homeostasis); GO:1900060 (negative regulation of ceramide biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04061 (ORMDL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992962 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057773662.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057773662.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057773662.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057773662.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057773662.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:41117900 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,D8 |
Chr7:41117953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057773662.1PF04061
ORMDL 15-149 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057773662.1 |
Pfam | PF04061 |
ORMDL | Family | 15 | 149 | 1.3e-50 | 171.4 | ORMDL family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。