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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003546

染色体: Chr07 坐标: 41116289-41121110 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003546
名称SmilChr07G003546
描述uncharacterized SmilChr07G003546
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向41116289 - 41121110 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992962
GeneID130992962
locus_tag-
NCBI NameLOC130992962
原始查询SmilChr07G003546

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205]; symbol=AT5G42000; hit=AT5G42000; species=arabidopsis; confidence=high
产物ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205]; symbol=AT5G42000; hit=AT5G42000; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G42000 (AT5G42000)
ORMDL family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834205]
identity=87; qcov=0.981; evalue=8.51e-103; confidence=high
RiceOs07g0452500 (OSJNBb0062P14.116-1)
-
identity=80.4; qcov=0.975; evalue=4.61e-93; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006672 (ceramide metabolic process); GO:0035339 (GO:0035339); GO:0090156 (intracellular sphingolipid homeostasis); GO:1900060 (negative regulation of ceramide biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF04061 (ORMDL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057773662.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057773662.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057773662.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773662.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773662.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:41117900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D8
Chr7:41117953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773662.1
157 aa
N
1
78
157
ORMDL
C
PF04061 ORMDL 15-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773662.1 Pfam PF04061 ORMDL Family 15 149 1.3e-50 171.4 ORMDL family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009091524.1
ATTTGCCATCGCCAATCGCCTCCTCAAAAAAGCCTAATTATTTCCCCAAAAAGAAAAAAGAAAAAGGGGAAATAGAATACAATACCATTGCATTGAACGAGTTTTATCATAATTTGTAAAATCCTAACATCAATTAATAGAAAGAAAGAAATGAAAGTGTTGAGTTGGGTTGAGTGGAATTAGGAGGGGGTTATGGCGAATTTGTACGTTCGGGCGGCGCCGACGACGGATCTGAACCGGAACACAGAATGGTTTACCTA...
XM_057917679.1
ATTTGCCATCGCCAATCGCCTCCTCAAAAAAGCCTAATTATTTCCCCAAAAAGAAAAAAGAAAAAGGGGAAATAGAATACAATACCATTGCATTGAACGAGTTTTATCATAATTTGTAAAATCCTAACATCAATTAATAGAAAGAAAGAAATGAAAGTGTTGAGTTGGGTTGAGTGGAATTAGGAGGGGGTTATGGCGAATTTGTACGTTCGGGCGGCGCCGACGACGGATCTGAACCGGAACACAGAATGGTTTACCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130992962
ATGGCGAATTTGTACGTTCGGGCGGCGCCGACGACGGATCTGAACCGGAACACAGAATGGTTTACCTACCCCGGTGTCTGGAGCACCTACATCCTTATATTGTTCTTCTCATGGCTTATGGTCCTCTCCGTCTTCGCTTGCTCTCCCGGCATGGCATGGACCGTCGTTCATCTCTCTCATTTCCTTGTCACGTATCACTTTTTTCACTGGAAGAAGGGGACTCCATTTGCAGAAGATCAGGGTATCTACAATAGGTTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057773662.1
MANLYVRAAPTTDLNRNTEWFTYPGVWSTYILILFFSWLMVLSVFACSPGMAWTVVHLSHFLVTYHFFHWKKGTPFAEDQGIYNRLTWWEQIDSGKQLTRNRKFLTIVPLVLYLIASHTTDYQHPMLFFNTLAVFVLVVAKFPHMHKVRIFGINADQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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