Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003557`

染色体: Chr07 坐标: 41431039-41432247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003557`
名称	SmilChr07G003557
描述	uncharacterized SmilChr07G003557
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	41431039 - 41432247 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994226`
GeneID	`130994226`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994226`
原始查询	`SmilChr07G003557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13650 (Asp_protease_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994226

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775246.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057775246.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775246.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057775246.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775246.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:41431512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr7:41431711`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B39
`Chr7:41431741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr7:41431833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,C5
`Chr7:41431864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A8,B77,B8
`Chr7:41431876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:41431883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C25,C38,C50
`Chr7:41431888`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr7:41431932`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C4,C71
`Chr7:41431958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C65
`Chr7:41432080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,D6
`Chr7:41432109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775246.1

402 aa

201

402

Asp_protease_2

PF13650 Asp_protease_2 73-163 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775246.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	73	163	2.7e-06	28.7	Aspartyl protease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919263.1
ATGCTTGCCAAGGTGAACGTGAATCTGCCCCTCCTGGATGTGATCAGAAAAGTCCCAGCGTATGTGAAGTTTTTTAAGGAGTTAGTCTCCAACAAGCGGAAGTTCGAGGACAATGAGAAGGTTCTGGTCTCAGAAATTGCGAACTCGATCATACAGCAGCCTCTGCCACCAAAGCAACGCGACCCAGGTAGCTTCGTGATTAAAATTGCTTTAGGAAATGGTAAGGAAGCTACGGGAATGTTAGATTTGGGTGCTGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994226
ATGCTTGCCAAGGTGAACGTGAATCTGCCCCTCCTGGATGTGATCAGAAAAGTCCCAGCGTATGTGAAGTTTTTTAAGGAGTTAGTCTCCAACAAGCGGAAGTTCGAGGACAATGAGAAGGTTCTGGTCTCAGAAATTGCGAACTCGATCATACAGCAGCCTCTGCCACCAAAGCAACGCGACCCAGGTAGCTTCGTGATTAAAATTGCTTTAGGAAATGGTAAGGAAGCTACGGGAATGTTAGATTTGGGTGCTGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775246.1
MLAKVNVNLPLLDVIRKVPAYVKFFKELVSNKRKFEDNEKVLVSEIANSIIQQPLPPKQRDPGSFVIKIALGNGKEATGMLDLGAGINLMPYSIFKQLELGDLKPTRMCLQLADRSVRYPRGIIEDVLVNVGGLIIPVDFVVLDIGEVHENGVEHTLLLGRPFMATTNTLIDVKDGNIKMTMLGESVSFSVHDSRAMPSANFINECSFIDPIDGLVEKVFLQEQECVEVCAGSTDMEELAREAKEFSSPLPSAAPFSYAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器