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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G003573`

染色体: Chr07 坐标: 41704508-41713804 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G003573`
名称	SmilChr07G003573
描述	uncharacterized SmilChr07G003573
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	41704508 - 41713804 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130994232`
GeneID	`130994232`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130994232`
原始查询	`SmilChr07G003573`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G51080` (AT5G51080) RNase H family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835181] identity=30.8; qcov=0.057; evalue=4.01e-07; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=28.1; qcov=0.231; evalue=1.76e-34; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130994232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057775253.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057775253.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057775253.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057775253.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057775253.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:41704509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C39,C56,D10
`Chr7:41704513`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B108,B135
`Chr7:41704527`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B12
`Chr7:41704563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:41704573`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B13,B22
`Chr7:41704581`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B70
`Chr7:41705039`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	33	B1,B104,B112,B16,B17,B24,B33,B35,B5,B56,B69,B78,B8,B80,B96,C18,C2,C32,C38,C39,C4,C41,C43,C56,C57,C60,C65,C68,C70,C72,D10,D11,D3
`Chr7:41705065`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B99,C15,C72,C73
`Chr7:41705065`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B99,C15,C72,C73
`Chr7:41705078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B126,B88,C3
`Chr7:41705103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C15
`Chr7:41705119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C35,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775253.1

1588 aa

794

1588

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 369-528 aa PF17919 RT_RNaseH_2 539-635 aa PF17917 RT_RNaseH 565-664 aa PF13456 RVT_3 700-818 aa PF17921 Integrase_H2C2 908-956 aa PF00665 rve 974-1071 aa PF31073 DUF8803 1195-1255 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	369	528	3.9e-29	102.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	539	635	6.8e-17	62.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	565	664	6.6e-15	55.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	700	818	4.3e-15	56.5	Reverse transcriptase-like
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	908	956	3.4e-11	43.8	Integrase zinc binding domain
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	974	1071	8e-19	68.5	Integrase core domain
`XP_057775253.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	1195	1255	2.4e-22	79.3	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057919270.1
ATGGAAGTTCATATGATTTGTGGGGAGAATGGAACGCCCACATCAAACAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCATAAGCAGGTTATGGAGATTACAAGCGCGGCAGAAGAGCCGACGATCACCTTTGGGGCAGAGGATCTACGTACACTAATGTACCCGCACGATGATGCGCTGGTTATTATGGCGGATATTGCCGGCTGTATCGTTCACCGTGTTTTCGTAGACTCGGGCAGCGCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130994232
ATGGAAGTTCATATGATTTGTGGGGAGAATGGAACGCCCACATCAAACAGGGCTAAGAAACAAGTGGTCAGAGCAGTGAAGTCAGGATACTACCATAAGCAGGTTATGGAGATTACAAGCGCGGCAGAAGAGCCGACGATCACCTTTGGGGCAGAGGATCTACGTACACTAATGTACCCGCACGATGATGCGCTGGTTATTATGGCGGATATTGCCGGCTGTATCGTTCACCGTGTTTTCGTAGACTCGGGCAGCGCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057775253.1
MEVHMICGENGTPTSNRAKKQVVRAVKSGYYHKQVMEITSAAEEPTITFGAEDLRTLMYPHDDALVIMADIAGCIVHRVFVDSGSAVNILYWECLQNMGIDVHIEPLFGFGGEMVMPLGYVELPLNLGTTAANSKTRMVRFLVVDMPKPSYNVILGRPALMAFRAVISMFHLKMKFPIEGGRVGEVCGDQTASKACHVQMLTHSAGQKRERVTEGLDTRKKGKVGEVNASIEERQELADILKDRDNTEKTALVSTSDFCN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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