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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003581

染色体: Chr07 坐标: 41853247-41855404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003581
名称SmilChr07G003581
描述uncharacterized SmilChr07G003581
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向41853247 - 41855404 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992985
GeneID130992985
locus_tag-
NCBI NameLOC130992985
原始查询SmilChr07G003581

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773679.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057773679.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057773679.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057773679.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773679.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:41853439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:41853491 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C15,C51
Chr7:41853771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A8,B3,B88
Chr7:41853938 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 78 A10,A14,A16,A19,A24,A3,A7,A9,B10,B103,B107,B108,B109,B119,B120,B121,B122,B124,B125,B127,B133,B134,B137,B18,B21,B22,B26,B30,B35,B42,B46,B56,B59,B60,B64,B66,B67,B70,B77,B79,B81,B82,B84,B85,B93,B96,B97,C13,C15,C16,C17,C22,C23,C26,C32,C33,C34,C36,C37,C4,C41,C45,C47,C49,C5,C57,C59,C68,C73,C74,C76,C79,C8,C81,C82,C87,D1,D4
Chr7:41853972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:41854515 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B72
Chr7:41854515 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B72
Chr7:41854678 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr7:41854678 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 D11
Chr7:41854683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:41854695 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A22,B110,B111,B113,B131,B132,B23,B27,B34,B47,B72,B83,B95,C24,C25,C27,C29,C30,C35,C38,C39,C50,C52,C54,C56,C57,C59,C63,C9,D10,D11
Chr7:41854727 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,B86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917697.1
TCGTCATGAAATGCTTGGAGGATTTAGATGTGGTGAAGAATTGGAATTGGGGTAGATATGTATTGAATGCTATGGTTCATCATGCTGAAAACTGGTCCAAGAATCGAAAGAAAATATTATGTGGTCCGATACTCTTGCTTGTGTTTTTATATGTGGACCGAATGACCATGAAAGGTATGAGGGTACCTCGATCGATACCAATATGCGTGAACTGGCCAAGCAACGAATTAATGCAGCGCCAGAAACTTGAGACTGATAAA...
XM_057917696.1
TCGTCATGAAATGCTTGGAGGATTTAGATGTGGTGAAGAATTGGAATTGGGGTAGATATGTATTGAATGCTATGGTTCATCATGCTGAAAACTGGTCCAAGAATCGAAAGAAAATATTATGTGGTCCGATACTCTTGCTTGTGTTTTTATATGTGGACCGAATGACCATGAAAGGTATGAGGGTACCTCGATCGATACCAATATGCGTGAACTGGCCAAGCAACGAATTAATGCAGCGCCAGAAACTTGAGACTGATAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130992985
ATGAAATGCTTGGAGGATTTAGATGTGGTGAAGAATTGGAATTGGGGTAGATATGTATTGAATGCTATGGTTCATCATGCTGAAAACTGGTCCAAGAATCGAAAGAAAATATTATGTGGTCCGATACTCTTGCTTGTGTTTTTATATGTGGACCGAATGACCATGAAAGGTATGAGGGTACCTCGATCGATACCAATATGCGTGAACTGGCCAAGCAACGAATTAATGCAGCGCCAGAAACTTGAGACTGATAAACGTTT...
LOC130992985
ATGAAATGCTTGGAGGATTTAGATGTGGTGAAGAATTGGAATTGGGGTAGATATGTATTGAATGCTATGGTTCATCATGCTGAAAACTGGTCCAAGAATCGAAAGAAAATATTATGTGGTCCGATACTCTTGCTTGTGTTTTTATATGTGGACCGAATGACCATGAAAGGTATGAGGGTACCTCGATCGATACCAATATGCGTGAACTGGCCAAGCAACGAATTAATGCAGCGCCAGAAACTTGAGACTGATAAACGTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057773679.1
MKCLEDLDVVKNWNWGRYVLNAMVHHAENWSKNRKKILCGPILLLVFLYVDRMTMKGMRVPRSIPICVNWPSNELMQRQKLETDKRFFGSGSLRGPIPLPTSEDFALENVSGDIAVGVGESPERLLQARMIKISREIGEKSRFLKSVMLEASDEHRSSDVFKECVVKCSRISGLPLDEIYSGSTQADVIPPSTERQYDTGGRLETENVDIPVEEAVRDEVDIPVEEAVRDEVDIPVEEAVEQVDMPVDKEATVSEGLSND...
XP_057773680.1
MKCLEDLDVVKNWNWGRYVLNAMVHHAENWSKNRKKILCGPILLLVFLYVDRMTMKGMRVPRSIPICVNWPSNELMQRQKLETDKRFFGSGSLRGPIPLPTSEDFALENVSGDIAVGVGESPERLLQARMIKISREIGEKSRFLKSVMLEASDEHRSSDVFKECVVKCSRISGLPLDEIYSGSTQADVIPPSTERQYDTGGRLETENVDIPVEEAVRDEVDIPVEEAVRDEVDIPVEEAVEQVDMPVDKEATVSEGLSND...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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