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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003586

染色体: Chr07 坐标: 41879818-41889667 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003586
名称SmilChr07G003586
描述uncharacterized SmilChr07G003586
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向41879818 - 41889667 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992992
GeneID130992992
locus_tag-
NCBI NameLOC130992992
原始查询SmilChr07G003586

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RPA-interacting protein A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826888]; symbol=AT4G12760; hit=AT4G12760; species=arabidopsis; confidence=medium
产物RPA-interacting protein A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826888]; symbol=AT4G12760; hit=AT4G12760; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G12760 (AT4G12760)
RPA-interacting protein A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826888]
identity=41.6; qcov=1.22; evalue=9.83e-43; confidence=medium
RiceOs05g0417300
-
identity=36.9; qcov=1.23; evalue=2.35e-32; confidence=medium
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006606 (protein import into nucleus)
KEGG-
PfamPF14767 (RPA_interact_M); PF14768 (RPA_interact_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992992

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057773693.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773695.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057773693.1
4 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057773695.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057773695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:41880174 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B101,B26,B30
Chr7:41880192 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C39
Chr7:41880192 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C39
Chr7:41880763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B48,B70
Chr7:41882439 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B42,B77,C45
Chr7:41882445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr7:41882446 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:41882449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr7:41882572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:41889441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B39,B4,C49
Chr7:41889464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:41889503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B43,B97,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773693.1
197 aa
N
1
98
197
RPA_interact_M
RPA_interact_C
C
PF14767 RPA_interact_M 9-98 aa PF14768 RPA_interact_C 114-194 aa
XP_057773694.1
197 aa
N
1
98
197
RPA_interact_M
RPA_interact_C
C
PF14767 RPA_interact_M 9-98 aa PF14768 RPA_interact_C 114-194 aa
XP_057773695.1
161 aa
N
1
80
161
RPA_interact_M
RPA_interact_C
C
PF14767 RPA_interact_M 9-98 aa PF14768 RPA_interact_C 102-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773693.1 Pfam PF14767 RPA_interact_M Family 9 98 1.7e-22 80.4 Replication protein A interacting middle
XP_057773693.1 Pfam PF14768 RPA_interact_C Family 114 194 1.9e-19 70.7 Replication protein A interacting C-terminal
XP_057773694.1 Pfam PF14767 RPA_interact_M Family 9 98 1.1e-22 81.1 Replication protein A interacting middle
XP_057773694.1 Pfam PF14768 RPA_interact_C Family 114 194 1.9e-19 70.7 Replication protein A interacting C-terminal
XP_057773695.1 Pfam PF14767 RPA_interact_M Family 9 98 6.9e-23 81.7 Replication protein A interacting middle
XP_057773695.1 Pfam PF14768 RPA_interact_C Family 102 158 6.5e-10 40.1 Replication protein A interacting C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917712.1
ATGCAGGATCTCATCAATTCAAGCCTTCAGGGCATAGTTTCTGATGAACTAAGAAAAATTAAGGGATTCTCACTGGATGAAAGTTCAGCTCCAACGTGTCGTAATGCTACTGATGACATGATATGGGAATATGATGGTCTTCAGACAGCTTATGCAGGCGACTGCGAGGAGATTCTATTAGAAATGCAAAACATATTTTATGAGGATCTTGGGAGAGGAGAAAGTAGAAAAGAGCCTGAAAAATTGATCACAACATGGGA...
XM_057917711.1
ATGCAGGATCTCATCAATTCAAGCCTTCAGGGCATAGTTTCTGATGAACTAAGAAAAATTAAGGGATTCTCACTGGATGAAAGTTCAGCTCCAACGTGTCGTAATGCTACTGATGACATGATATGGGAATATGATGGTCTTCAGACAGCTTATGCAGGCGACTGCGAGGAGATTCTATTAGAAATGCAAAACATATTTTATGAGGATCTTGGGAGAGGAGAAAGTAGAAAAGAGCCTGAAAAATTGATCACAACATGGGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130992992
ATGCAGGATCTCATCAATTCAAGCCTTCAGGGCATAGTTTCTGATGAACTAAGAAAAATTAAGGGATTCTCACTGGATGAAAGTTCAGCTCCAACGTGTCGTAATGCTACTGATGACATGATATGGGAATATGATGGTCTTCAGACAGCTTATGCAGGCGACTGCGAGGAGATTCTATTAGAAATGCAAAACATATTTTATGAGGATCTTGGGAGAGGAGAAAGTAGAAAAGAGCCTGAAAAATTGATCACAACATGGGA...
LOC130992992
ATGCAGGATCTCATCAATTCAAGCCTTCAGGGCATAGTTTCTGATGAACTAAGAAAAATTAAGGGATTCTCACTGGATGAAAGTTCAGCTCCAACGTGTCGTAATGCTACTGATGACATGATATGGGAATATGATGGTCTTCAGACAGCTTATGCAGGCGACTGCGAGGAGATTCTATTAGAAATGCAAAACATATTTTATGAGGATCTTGGGAGAGGAGAAAGTAGAAAAGAGCCTGAAAAATTGATCACAACATGGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057773693.1
MQDLINSSLQGIVSDELRKIKGFSLDESSAPTCRNATDDMIWEYDGLQTAYAGDCEEILLEMQNIFYEDLGRGESRKEPEKLITTWDDEEDEYLAPIVFDHMQLNSDQVSPEVWCPICKQGKFQENGHNIYCNRCKFELKREHEVDLNFLRLRLGEAHTEHLVKGCRLKPEFCVETKFQLTAIYIKCQGCDTFDIVL
XP_057773694.1
MQDLINSSLQGIVSDELRKIKGFSLDESSAPTCRNATDDMIWEYDGLQTAYAGDCEEILLEMQNIFYEDLGRGESRKEPEKLITTWDDEEDEYLARIVFDHMQLNSDQVSPEVWCPICKQGKFQENGHNIYCNRCKFELKREHEVDLNFLRLRLGEAHTEHLVKGCRLKPEFCVETKFQLTAIYIKCQGCDTFDIVL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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