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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003596

染色体: Chr07 坐标: 42048984-42054248 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003596
名称SmilChr07G003596
描述BRI1 kinase inhibitor 1-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42048984 - 42054248 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130994237
GeneID130994237
locus_tag-
NCBI NameLOC130994237
原始查询SmilChr07G003596

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BRI1 kinase inhibitor 1-like
产物BRI1 kinase inhibitor 1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF30743 (BKI1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130994237

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057775258.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057775258.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057775258.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057775258.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057775258.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42049024 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 41 A15,A18,A20,A23,A25,B1,B103,B104,B114,B119,B120,B125,B126,B131,B136,B139,B140,B17,B18,B33,B34,B35,B41,B48,B73,B78,B80,B86,B93,C1,C24,C28,C31,C35,C40,C65,C7,C82,C83,D11,D2
Chr7:42049031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B2,B93
Chr7:42049063 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C16
Chr7:42053797 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr7:42053837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,C14,C5,D10
Chr7:42053840 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B50,B57
Chr7:42053853 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 8 B107,B29,B34,B35,B65,C34,C63,C71
Chr7:42053855 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr7:42053878 T TCA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B107,B29,B34,B35,B56,B65,B96,C34,C63,C71
Chr7:42053908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr7:42053925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B114,B140,B55,C63
Chr7:42053932 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 A22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057775258.1
191 aa
N
1
96
191
BKI1
C
PF30743 BKI1 51-191 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057775258.1 Pfam PF30743 BKI1 Family 51 191 2.4e-38 133.0 BRI1 kinase inhibitor 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057919275.1
ATGAAGATATGTAACCTAGTGTTCAACTCTCCCTTCTTCACAAAAAAGCCAGCTCAGCACCCTTCCATCTCCATCACAGCCGTACATGCATATCTAGAAATATATGCTGGTCTGAGTACAAGACGTACAACCAACAAAGCACCTCATCTGGCCAACGAGATCTTCTTCCACGGGCACCTCCTCCCCCTCCACCTCCTCTCCCACCTCCACGCGTCGCCGCGCTCCTCCACCAACTCCCTCGACAGCTTCACCCTCCCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130994237
ATGAAGATATGTAACCTAGTGTTCAACTCTCCCTTCTTCACAAAAAAGCCAGCTCAGCACCCTTCCATCTCCATCACAGCCGTACATGCATATCTAGAAATATATGCTGGTCTGAGTACAAGACGTACAACCAACAAAGCACCTCATCTGGCCAACGAGATCTTCTTCCACGGGCACCTCCTCCCCCTCCACCTCCTCTCCCACCTCCACGCGTCGCCGCGCTCCTCCACCAACTCCCTCGACAGCTTCACCCTCCCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057775258.1
MKICNLVFNSPFFTKKPAQHPSISITAVHAYLEIYAGLSTRRTTNKAPHLANEIFFHGHLLPLHLLSHLHASPRSSTNSLDSFTLPIKELLSVDENNRYNDEDDKNNIINGGESRHVSEGKGKGKSKSLSLFVMPKWRKEREEDGDHEHSTTTQKQQKSRFELLKRYVRFVKPFLSLRRREQGSSIEFLRQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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