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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G003604

染色体: Chr07 坐标: 42188836-42195459 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G003604
名称SmilChr07G003604
描述uncharacterized SmilChr07G003604
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向42188836 - 42195459 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992853
GeneID130992853
locus_tag-
NCBI NameLOC130992853
原始查询SmilChr07G003604

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0363400; species=rice; confidence=low
产物hit=Os09g0363400; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G10890 (AT4G10890)
DDE family endonuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826688]
identity=40.9; qcov=0.288; evalue=3.34e-23; confidence=weak
RiceOs09g0363400
-
identity=31.4; qcov=0.406; evalue=4.91e-24; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006302 (double-strand break repair); GO:0035861 (site of double-strand break)
KEGG-
PfamPF10382 (ZGRF1-like_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992853

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057773593.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057773593.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057773593.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057773593.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057773593.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:42191018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:42191691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B70
Chr7:42192437 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr7:42193238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr7:42193279 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,B87,C59
Chr7:42194328 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr7:42195090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr7:42195130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B131,B140,C1,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057773593.1
551 aa
N
1
276
551
ZGRF1-like_N
ZGRF1-like_N
C
PF10382 ZGRF1-like_N 5-76 aa PF10382 ZGRF1-like_N 155-231 aa
XP_057773594.1
549 aa
N
1
274
549
ZGRF1-like_N
ZGRF1-like_N
C
PF10382 ZGRF1-like_N 5-76 aa PF10382 ZGRF1-like_N 155-231 aa
XP_057773595.1
527 aa
N
1
264
527
ZGRF1-like_N
ZGRF1-like_N
C
PF10382 ZGRF1-like_N 5-76 aa PF10382 ZGRF1-like_N 131-207 aa
XP_057773596.1
517 aa
N
1
258
517
ZGRF1-like_N
ZGRF1-like_N
C
PF10382 ZGRF1-like_N 5-74 aa PF10382 ZGRF1-like_N 121-197 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057773593.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 5 76 1.9e-32 112.1 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773593.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 155 231 1.9e-32 112.1 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773594.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 5 76 1.9e-32 112.1 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773594.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 155 231 1.9e-32 112.1 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773595.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 5 76 2.7e-33 114.8 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773595.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 131 207 2.7e-33 114.8 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773596.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 5 74 3.4e-32 111.3 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain
XP_057773596.1 Pfam PF10382 ZGRF1-like_N Domain 121 197 3.4e-32 111.3 DNA helicase ZGRF1-like, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057917612.1
AACCCAATAGCCCATCGTTATTCATTGTTCATTGTTCTCGTCGAAAAGTAATGACAAATATTTGAGTTCCCGCCACTGCTAACAAGTAAACACCTCACCGCTGCCGAAGCTACCTCATTTTCCTCTCATTTCTTAATTTCCTCTCACGCCTCGTCCATTTGCGACTACTTTTCTCTCTCCTAAAGTTTCTGGTGGTCGATTCGCACAAGCACTAAATCGGCGTCGCAATGGAGGAAACTCAGCGGTGGAGCGTGACGTAC...
XM_057917613.1
AACCCAATAGCCCATCGTTATTCATTGTTCATTGTTCTCGTCGAAAAGTAATGACAAATATTTGAGTTCCCGCCACTGCTAACAAGTAAACACCTCACCGCTGCCGAAGCTACCTCATTTTCCTCTCATTTCTTAATTTCCTCTCACGCCTCGTCCATTTGCGACTACTTTTCTCTCTCCTAAAGTTTCTGGTGGTCGATTCGCACAAGCACTAAATCGGCGTCGCAATGGAGGAAACTCAGCGGTGGAGCGTGACGTAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130992853
ATGGAGGAAACTCAGCGGTGGAGCGTGACGTACACGAATCACGTTAAGCAGAAGCGGAAAGTCTATCACGACGGCTTTCTAACGGTTCAATCATCTCGCAATAAGGTCATGTTGTATGATGAATGGGACAAGCTCTTGGAGACTAGGTTTGTGAAGAAAGATGATCTCATCTTATCTGGTGAAACGATCACATTTGGTTCTTACCTTGTCGATCTCGGTGAGCTATGTCAAGGCCATCAACCTATATCTAATTTGAATTC...
LOC130992853
ATGGAGGAAACTCAGCGGTGGAGCGTGACGTACACGAATCACGTTAAGCAGAAGCGGAAAGTCTATCACGACGGCTTTCTAACGGTTCAATCATCTCGCAATAAGGTCATGTTGTATGATGAATGGGACAAGCTCTTGGAGACTAGGTTTGTGAAGAAAGATGATCTCATCTTATCTGGTGAAACGATCACATTTGGTTCTTACCTTGTCGATCTCGGTGAGCTATGTCAAGGCCATCAACCTATATCTAATTTGAATTC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057773593.1
MEETQRWSVTYTNHVKQKRKVYHDGFLTVQSSRNKVMLYDEWDKLLETRFVKKDDLILSGETITFGSYLVDLGELCQGHQPISNLNSQDQDKKVETSSSHYSYNSQNRKPMVGKRKGQVVNISPSQKMIRDFKKSEVNKFSSSPSCMNMTKLSTKEWQVLYTTQITQKAKKFHDGFLHLIIHGSQGRQVKLYDINRRHLDGRFLKKDEKVCSGESLVLDGHLVEIGEQEEDHKPPTDLNIQGKGCKVTGKSDVVDYQTKI...
XP_057773594.1
MEETQRWSVTYTNHVKQKRKVYHDGFLTVQSSRNKVMLYDEWDKLLETRFVKKDDLILSGETITFGSYLVDLGELCQGHQPISNLNSQDQDKKVETSSSHYSYNSQNRKPMVGKRKGQVVNISPSQKMIRDFKKSEVNKFSSSPSCMNMTKLSTKEWQVLYTTQITQKAKKFHDGFLHLIIHGSQGRQVKLYDINRRHLDGRFLKKDEKVCSGESLVLDGHLVEIGEQEEDHKPPTDLNIQGKGCKVTGKSDVVDYQTKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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